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- PDB-1zxj: Crystal structure of the hypthetical Mycoplasma protein, MPN555 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zxj
タイトルCrystal structure of the hypthetical Mycoplasma protein, MPN555
要素Hypothetical protein MG377 homolog仮説
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / UNKNOWN FUNCTION / mostly alpha helical protein / tri-lobal structure / PSI / Protein Structure Initiative / Berkeley Structural Genomics Center / BSGC
機能・相同性Trigger factor, domain 2 / Trigger factor, C-terminal domain / Trigger factor, C-terminal domain superfamily / Trigger factor/SurA domain superfamily / フォールディング / protein transport / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Uncharacterized protein MG377 homolog
機能・相同性情報
生物種Mycoplasma pneumoniae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Schulze-Gahmen, U. / Aono, S. / Shengfeng, C. / Yokota, H. / Kim, R. / Kim, S.-H. / Berkeley Structural Genomics Center (BSGC)
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: Structure of the hypothetical Mycoplasma protein MPN555 suggests a chaperone function.
著者: Schulze-Gahmen, U. / Aono, S. / Chen, S. / Yokota, H. / Kim, R. / Kim, S.H.
履歴
登録2005年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein MG377 homolog
B: Hypothetical protein MG377 homolog
C: Hypothetical protein MG377 homolog
D: Hypothetical protein MG377 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,8084
ポリマ－101,8084
非ポリマー00
水25214
1
A: Hypothetical protein MG377 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4521
ポリマ－25,4521
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Hypothetical protein MG377 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4521
ポリマ－25,4521
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Hypothetical protein MG377 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4521
ポリマ－25,4521
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Hypothetical protein MG377 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4521
ポリマ－25,4521
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
C: Hypothetical protein MG377 homolog

C: Hypothetical protein MG377 homolog

D: Hypothetical protein MG377 homolog

D: Hypothetical protein MG377 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,8084
ポリマ－101,8084
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation1_454x-1,y,z-11
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area9380 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area39410 Å2
手法PISA
6
A: Hypothetical protein MG377 homolog
B: Hypothetical protein MG377 homolog

A: Hypothetical protein MG377 homolog
B: Hypothetical protein MG377 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,8084
ポリマ－101,8084
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area8480 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area39270 Å2
手法PISA
7
C: Hypothetical protein MG377 homolog

D: Hypothetical protein MG377 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9042
ポリマ－50,9042
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area3040 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area21360 Å2
手法PISA
8
A: Hypothetical protein MG377 homolog

B: Hypothetical protein MG377 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9042
ポリマ－50,9042
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area2640 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area21240 Å2
手法PISA
9
B: Hypothetical protein MG377 homolog

B: Hypothetical protein MG377 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9042
ポリマ－50,9042
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area1570 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area21730 Å2
手法PISA
10
D: Hypothetical protein MG377 homolog

D: Hypothetical protein MG377 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9042
ポリマ－50,9042
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_757-x+2,y,-z+21
Buried area1610 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area22470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.370, 45.590, 153.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.40, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Hypothetical protein MG377 homolog / 仮説 / MPN555


分子量: 25451.900 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycoplasma pneumoniae (バクテリア)
プラスミド: pSKB3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pSJS1244 / 参照: UniProt: P75223
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Bis/Tris, ammonium sulfate, pentaerythritol ethoxylate, zwittergent 3-14, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→42.76 Å / Num. all: 41240 / Num. obs: 38935 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 54.3 Å2 / Limit h max: 47 / Limit h min: 0 / Limit k max: 16 / Limit k min: 0 / Limit l max: 50 / Limit l min: -54 / Observed criterion F max: 1848136.33 / Observed criterion F min: 13 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / % possible all: 91.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→19.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.322 2840 7.3 %random
Rwork0.248 ---
all-41128 --
obs-38842 94.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 33.5698 Å2 / ksol: 0.313832 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 99.89 Å2 / Biso mean: 50.04 Å2 / Biso min: 6.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6 Å20 Å22.62 Å2
2---7.97 Å20 Å2
3---1.97 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.51 Å0.38 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.46 Å0.37 Å
Luzzati d res high-2.8
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5898 0 0 14 5912
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.72
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.8-2.930.3893197.20.33141240.0225122444386.7
2.93-3.080.3523337.30.30442520.0195170458588.7
3.08-3.270.3673367.10.27943940.025155473091.7
3.27-3.520.363096.40.27545440.025171485393.9
3.52-3.880.34239680.24645610.0175107495797.1
3.88-4.430.2723917.70.21846780.0145121506999
4.43-5.560.3173837.50.2247540.0165160513799.6
5.56-19.810.2913737.40.23846950.0155137506898.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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