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- PDB-1zse: RNA stemloop from bacteriophage Qbeta complexed with an N87S muta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zse
タイトルRNA stemloop from bacteriophage Qbeta complexed with an N87S mutant MS2 Capsid
要素
  • Coat protein
  • RNA HAIRPIN
キーワードRNA/VIRUS/VIRAL PROTEIN / capsid (カプシド) / complex (capsid protein - rna hairpin) / hairpin / levivirus / virus/viral protein/rna / RNA-VIRUS-VIRAL PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of viral translation / T=3 icosahedral viral capsid / regulation of translation / structural molecule activity / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
MS2 Viral Coat Protein / MS2 Viral Coat Protein / Levivirus coat protein / Levivirus coat protein / Bacteriophage RNA-type, capsid / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / RNA (> 10) / カプシド
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacterio phage MS2 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Horn, W.T. / Tars, K. / Grahn, E. / Helgstrand, C. / Baron, A.J. / Lago, H. / Adams, C.J. / Peabody, D.S. / Phillips, S.E.V. / Stonehouse, N.J. ...Horn, W.T. / Tars, K. / Grahn, E. / Helgstrand, C. / Baron, A.J. / Lago, H. / Adams, C.J. / Peabody, D.S. / Phillips, S.E.V. / Stonehouse, N.J. / Liljas, L. / Stockley, P.G.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: Structural Basis of RNA Binding Discrimination between Bacteriophages Qbeta and MS2
著者: Horn, W.T. / Tars, K. / Grahn, E. / Helgstrand, C. / Baron, A.J. / Lago, H. / Adams, C.J. / Peabody, D.S. / Phillips, S.E.V. / Stonehouse, N.J. / Liljas, L. / Stockley, P.G.
履歴
登録2005年5月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: RNA HAIRPIN
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5264
ポリマ－47,5264
非ポリマー00
水2,522140
1
R: RNA HAIRPIN
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,851,571240
ポリマ－2,851,571240
非ポリマー00
水4,324240
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
R: RNA HAIRPIN
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 238 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)237,63120
ポリマ－237,63120
非ポリマー00
水36020
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
R: RNA HAIRPIN
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 285 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)285,15724
ポリマ－285,15724
非ポリマー00
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
R: RNA HAIRPIN
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
x 10


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 475 kDa, 40 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)475,26240
ポリマ－475,26240
非ポリマー00
水72140
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation9
単位格子
Length a, b, c (Å)287.090, 287.090, 651.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2generate(0.5, -0.8660254), (0.64549722, 0.372678, 0.66666667), (-0.57735027, -0.33333333, 0.74535599)
3generate(-0.30901699, -0.75576131, -0.57735027), (0.17841104, -0.64235033, 0.74535599), (-0.93417236, 0.127322, 0.33333333)
4generate(-0.30901699, 0.17841104, -0.93417236), (-0.75576131, -0.64235033, 0.127322), (-0.57735027, 0.74535599, 0.33333333)
5generate(0.5, 0.64549722, -0.57735027), (-0.8660254, 0.372678, -0.33333333), (0.66666667, 0.74535599)
6generate(0.30901699, -0.75576131, -0.57735027), (-0.75576131, -0.563661, 0.33333333), (-0.57735027, 0.33333333, -0.74535599)
7generate(-0.35682209, -0.93417236), (-0.93417236, 0.33333333, -0.127322), (0.35682209, 0.872678, -0.33333333)
8generate(0.30901699, 0.17841104, -0.93417236), (-0.17841104, 0.97568366, 0.127322), (0.93417236, 0.127322, 0.33333333)
9generate(0.80901699, 0.11026409, -0.57735027), (0.46708618, 0.47568366, 0.74535599), (0.35682209, -0.872678, 0.33333333)
10generate(0.80901699, -0.46708618, -0.35682209), (0.11026409, -0.47568366, 0.872678), (-0.57735027, -0.74535599, -0.33333333)

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要素

#1: RNA鎖 RNA HAIRPIN / BACTERIOPHAGE QBETA STEMLOOP OPERATOR


分子量: 6391.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHESISED RNA STEMLOOP
#2: タンパク質 Coat protein / MS2


分子量: 13711.438 Da / 分子数: 3 / Mutation: N87S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacterio phage MS2 (ファージ)
属: LevivirusEmesvirus / 生物種: Enterobacteria phage MS2Bacteriophage MS2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03612
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: MS2 COATPROTEIN IN 1.25% OR 1.5% PEG 8K, 0.4M SODIUM PHOSPHATE BUFFER, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MS211
2PEG11
3SODIUM PHOSPHATE11
4MS212
5SODIUM PHOSPHATE12

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 1.488 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→30 Å / Num. all: 200773 / Num. obs: 141000 / % possible obs: 70.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / Rsym value: 0.205 / Net I/σ(I): 3.1
反射 シェル解像度: 3.02→3.22 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Rsym value: 0.482 / % possible all: 70.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2MS2

2ms2


解像度: 3→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The waters listed in remark 525 are ncs symmetry related waters which are in hydrogen bonding distance to protein or RNA when the biological molecule is generated. NCS symmetry related B ...詳細: The waters listed in remark 525 are ncs symmetry related waters which are in hydrogen bonding distance to protein or RNA when the biological molecule is generated. NCS symmetry related B chain instead of the chain used for the actual refinement has been included so that the protein-RNA interactions between the AB dimer and the R chain RNA are clear without generating the NCS symmetry related 'B' chain.
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.232 5664 RANDOM
Rwork0.225 --
all0.225 200773 -
obs0.225 141000 -
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.36 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.49 Å0.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2886 257 0 140 3283
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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