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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1zco | ||||||
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タイトル | Crystal structure of pyrococcus furiosus 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase | ||||||
要素 | 2-dehydro-3-deoxyphosphoheptonate aldolase | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / arabino-heptulosonate / synthase / shikimate (シキミ酸) / DAHP / DAH7P / DAHPS / DAH7PS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity / aldehyde-lyase activity / aromatic amino acid family biosynthetic process / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å | ||||||
データ登録者 | Schofield, L.R. / Anderson, B.F. / Patchett, M.L. / Norris, G.E. / Jameson, G.B. / Parker, E.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005 タイトル: Substrate Ambiguity and Crystal Structure of Pyrococcus furiosus 3-Deoxy-d-arabino-heptulosonate-7-phosphate Synthase: An Ancestral 3-Deoxyald-2-ulosonate-phosphate Synthase?(,) 著者: Schofield, L.R. / Anderson, B.F. / Patchett, M.L. / Norris, G.E. / Jameson, G.B. / Parker, E.J. #1: ジャーナル: PROTEIN EXPR.PURIF. / 年: 2004 タイトル: Expression, Purification, and Characteriseation of 3-Deoxy_D_Arabino_Heptulosonate 7-Phosphate Synthase from Pyrococcus Furiosus 著者: Schofield, L.R. / Patchett, M.L. / Parker, E.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1zco.cif.gz | 121.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1zco.ent.gz | 93.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1zco.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/1zco ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/1zco | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological tetramer can be generated by the operation of the crystallographic twofold axis 1-x,y,-z on the asymmetric unit |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29260.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス) プラスミド: PT7-7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CODONPLUS(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q8U0A9, EC: 4.1.2.15 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-MN / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: 8% Peg 8000, 0.2M ammonium acetate, 0.1M tris-HCl, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年5月7日 / 詳細: Osmic Blue Mirrors |
放射 | モノクロメーター: OSMIC BLUE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→19.8 Å / Num. all: 166567 / Num. obs: 33241 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.97 % / Biso Wilson estimate: 30.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 7.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.37 Å / 冗長度: 4.97 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: CHIMERIC MODEL FROM 1QR7 AND 1FWT 解像度: 2.25→19.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 7.098 / SU ML: 0.163 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.245 / ESU R Free: 0.203 / 立体化学のターゲット値: Supplied by CCP4 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.545 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.316 Å / Luzzati d res low obs: 4.8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→19.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20 /
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