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- PDB-3e9a: Crystal structure of 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase fr... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3e9a | ||||||
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Title | Crystal structure of 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase from Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961 | ||||||
![]() | 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase / 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase / Lipopolysaccharide biosynthesis / CSGID / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases | ||||||
Function / homology | ![]() 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase / 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase activity / keto-3-deoxy-D-manno-octulosonic acid biosynthetic process / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nocek, B. / Mulligan, R. / Kwon, K. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase from Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961 Authors: Nocek, B. / Mulligan, R. / Kwon, K. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 71.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 54 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 434.1 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 435.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 13.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 19.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 1o60S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Details | authors state that the biological assembly is unknown |
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Components
#1: Protein | Mass: 31084.727 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: N16961 / Gene: kdsA, VC_2175 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: Q9KQ29, UniProt: A5F692*PLUS, 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase |
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#2: Chemical | ChemComp-SO4 / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.16 Å3/Da / Density % sol: 42.98 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / pH: 6.5 Details: 0.05 Ammonium sulfate 0.05 bis-tris 30% pentaerythritol ethoxylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: SBC-3 / Detector: CCD / Date: Aug 6, 2008 / Details: MIRRORS |
Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9794 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→40 Å / Num. obs: 24922 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 20.3 % / Biso Wilson estimate: 28.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rsym value: 0.78 / Net I/σ(I): 40 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.83 Å / Redundancy: 19.8 % / Rmerge(I) obs: 0.78 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1O60 Resolution: 1.8→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 5.523 / SU ML: 0.09 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.125 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 16.59 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→40 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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