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- PDB-3e9a: Crystal structure of 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3e9a
タイトルCrystal structure of 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase from Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961
要素2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
キーワードTRANSFERASE / 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase / 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase / Lipopolysaccharide biosynthesis / CSGID / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases
機能・相同性
機能・相同性情報


3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase / 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase activity / keto-3-deoxy-D-manno-octulosonic acid biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase / DAHP synthetase I/KDSA / DAHP synthetase I family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase / 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae O1 biovar El tor (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Nocek, B. / Mulligan, R. / Kwon, K. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase from Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961
著者: Nocek, B. / Mulligan, R. / Kwon, K. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2008年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1812
ポリマ－31,0851
非ポリマー961
水3,045169
1
A: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
ヘテロ分子

A: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
ヘテロ分子

A: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
ヘテロ分子

A: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,7238
ポリマ－124,3394
非ポリマー3844
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area14270 Å2
ΔGint-138 kcal/mol
Surface area36210 Å2
手法PISA
2
A: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
ヘテロ分子

A: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,3624
ポリマ－62,1692
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
Buried area3820 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area21420 Å2
手法PISA
3
A: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
ヘテロ分子

A: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,3624
ポリマ－62,1692
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area3420 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area21820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.187, 117.187, 117.187
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-313-

HOH

21A-447-

HOH

詳細authors state that the biological assembly is unknown

-
要素

#1: タンパク質 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase / Phospho-2-dehydro-3-deoxyoctonate aldolase / 3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8-phosphate ...Phospho-2-dehydro-3-deoxyoctonate aldolase / 3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8-phosphate synthetase / KDO-8-phosphate synthetase / KDO 8-P synthase / KDOPS


分子量: 31084.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El tor (コレラ菌)
株: N16961 / 遺伝子: kdsA, VC_2175 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9KQ29, UniProt: A5F692*PLUS, 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.98 %
結晶化温度: 291 K / pH: 6.5
詳細: 0.05 Ammonium sulfate 0.05 bis-tris 30% pentaerythritol ethoxylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9794
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月6日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→40 Å / Num. obs: 24922 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 20.3 % / Biso Wilson estimate: 28.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rsym value: 0.78 / Net I/σ(I): 40
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 19.8 % / Rmerge(I) obs: 0.78 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1O60

1o60


解像度: 1.8→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 5.523 / SU ML: 0.09 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 1245 5.1 %RANDOM
Rwork0.176 ---
obs0.178 23054 97.5 %-
all-23054 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2108 0 5 169 2282
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0222159
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021466
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7261.9692919
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg133605
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0595277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.9824.89192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.82715382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.5481510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2332
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022393
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02405
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.2452
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1970.21536
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1770.21055
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.21057
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.2134
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1960.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2380.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3130.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2561.51777
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3471.5557
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.49922213
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5073880
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4624.5704
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 86 -
Rwork0.229 1659 -
obs--97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
135.0429-0.2254-22.28380.50710.89615.2909-0.0868-1.0575-0.63470.23730.52010.25160.08851.0451-0.43320.1790.1376-0.02280.17190.03180.040151.18323.4712-18.1452
23.62490.7974-0.68514.3535-2.41545.38710.06010.12890.1970.05220.21090.2266-0.7235-0.5254-0.27090.18860.16370.05540.10050.06460.048339.215426.9122-8.3159
31.74760.5003-1.11131.86890.07482.5092-0.0015-0.13990.03670.3233-0.00910.2277-0.2302-0.28020.01060.16760.130.12250.11350.0390.079335.923221.692111.5214
41.44741.6142-0.08134.7530.70471.22440.0562-0.08630.11280.36850.03150.2491-0.3475-0.3272-0.08770.16860.14270.09790.06570.04140.058337.111424.32149.284
53.7918-2.63585.930417.5269-0.357610.1781-0.13960.20050.5351.83130.0390.20630.1569-0.20650.10050.24910.03870.23440.29790.10440.103628.61168.039113.891
65.69472.40650.04328.5137-2.30326.92050.33810.25170.7401-0.416-0.32940.813-0.6835-0.5685-0.00870.04240.23750.16420.135-0.00920.179525.920526.08939.5123
72.6440.98640.80583.83271.70852.06880.0048-0.0230.10170.0224-0.03120.5768-0.1975-0.52010.0265-0.00470.10950.05330.21440.07230.151127.729214.7391.224
83.13930.63871.61826.32810.12991.71840.12190.122-0.054-0.07390.05610.20210.1344-0.2631-0.1780.02410.03250.01530.15350.05890.071634.32955.5101-4.2906
95.5008-1.32531.08370.7022-0.44122.34010.17110.1839-0.1172-0.13990.02380.2264-0.099-0.2306-0.19490.0610.06660.00270.1340.06960.12235.452211.9949-4.7993
106.1048-0.51522.75880.8061-0.47911.32630.07070.3014-0.4109-0.26010.07990.10020.1426-0.0966-0.15060.14760.0516-0.03790.13290.01890.069641.51177.47-11.6295
116.76913.07444.10075.13318.252213.41070.17080.20950.5403-0.4064-0.26780.3308-0.8449-0.84760.0970.11690.1201-0.03910.17180.09840.08633.596616.1062-11.5865
125.3828-2.61521.26864.054-0.86550.32130.0026-0.0884-0.1318-0.08610.0516-0.0517-0.0756-0.0919-0.05410.11250.03820.02460.0770.01540.074149.75028.61920.1729
132.17941.8884-2.49699.20172.85776.21040.16980.061-0.00791.0472-0.04520.3196-0.1765-0.0851-0.12460.1004-0.0131-0.01570.0436-0.00620.099754.28962.34226.2555
144.0092-0.8415-0.32310.3979-0.33890.77370.19510.0776-0.0813-0.01660.06110.0645-0.1618-0.1167-0.25630.20650.03070.03580.05020.01030.06153.415314.6684-6.8699
152.5506-1.44252.64931.4493-2.51459.93280.08640.0822-0.0753-0.02560.00940.155-0.3082-0.1405-0.09580.1170.06510.02870.040.01880.069146.20316.5133-4.6869
164.439-3.8352-4.02986.43489.023813.49880.2947-0.7811-0.33771.03460.3589-0.27751.33130.1205-0.65360.3827-0.0117-0.00280.21440.09390.125251.407412.413711.7599
174.859-0.8667-1.56367.0014-0.86926.3075-0.0931-0.42740.0920.33960.17040.1621-0.0980.0874-0.07730.17670.0380.07350.0566-0.01330.04355.41719.91059.1912
182.88310.1979-0.72940.9019-0.19281.0872-0.048-0.11310.04160.02230.07370.0312-0.2992-0.0393-0.02570.17190.06720.0530.05120.01380.056648.462921.28621.0025
1910.49957.3341-3.179519.124-6.84042.4870.9221-0.4235-0.36621.1116-0.6754-0.3413-0.3452-0.1547-0.24670.4053-0.0197-0.01040.09020.0501-0.057141.520215.090119.7819
201.41840.5491-0.41230.771-0.11552.15180.13230.01310.09530.03390.06260.1008-0.2746-0.0986-0.19490.21370.05960.0416-0.01980.01810.035452.527527.34131.8295
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-2 - 3
2X-RAY DIFFRACTION2A4 - 17
3X-RAY DIFFRACTION3A18 - 36
4X-RAY DIFFRACTION4A37 - 62
5X-RAY DIFFRACTION5A63 - 80
6X-RAY DIFFRACTION6A81 - 89
7X-RAY DIFFRACTION7A90 - 111
8X-RAY DIFFRACTION8A112 - 127
9X-RAY DIFFRACTION9A128 - 141
10X-RAY DIFFRACTION10A142 - 157
11X-RAY DIFFRACTION11A158 - 164
12X-RAY DIFFRACTION12A165 - 173
13X-RAY DIFFRACTION13A174 - 178
14X-RAY DIFFRACTION14A179 - 188
15X-RAY DIFFRACTION15A189 - 202
16X-RAY DIFFRACTION16A203 - 218
17X-RAY DIFFRACTION17A219 - 226
18X-RAY DIFFRACTION18A227 - 239
19X-RAY DIFFRACTION19A240 - 251
20X-RAY DIFFRACTION20A252 - 283

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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