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- PDB-1yvi: X-RAY STRUCTURE OF PUTATIVE HISTIDINE-CONTAINING PHOSPHOTRANSFER ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yvi
タイトルX-RAY STRUCTURE OF PUTATIVE HISTIDINE-CONTAINING PHOSPHOTRANSFER PROTEIN FROM RICE, AK104879
要素histidine-containing phosphotransfer protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / CESG / AK104879 / PHOSPHORELAY MEDIATOR / HP1 / Center for Eukaryotic Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cytokinin-activated signaling pathway / protein histidine kinase binding / cytokinin-activated signaling pathway / histidine phosphotransfer kinase activity / phosphorelay signal transduction system / リン酸化 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Histidine-containing phosphotransfer protein 1-5/Phosphorelay intermediate protein YPD1 / HPT domain / Hpt domain / Histidine-containing phosphotransfer (HPt) domain profile. / Signal transduction histidine kinase, phosphotransfer (Hpt) domain / HPT domain superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Histidine-containing phosphotransfer protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. / Bitto, E. / Bingman, C.A. / Allard, S.T.M. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: X-RAY STRUCTURE OF PUTATIVE HISTIDINE-CONTAINING PHOSPHOTRANSFER PROTEIN FROM RICE, AK104879
著者: Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
履歴
登録2005年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年2月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.52023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: histidine-containing phosphotransfer protein
B: histidine-containing phosphotransfer protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5622
ポリマ－33,5622
非ポリマー00
水5,747319
1
A: histidine-containing phosphotransfer protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7811
ポリマ－16,7811
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: histidine-containing phosphotransfer protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7811
ポリマ－16,7811
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.558, 100.558, 69.568
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAASPASPAA3 - 353 - 35
21ALAALAASPASPBB3 - 353 - 35
12PROPROGLNGLNAA40 - 14240 - 142
22PROPROGLNGLNBB40 - 14240 - 142

NCSアンサンブル:
ID
1
2
詳細The biological unit is a monomer. There are 2 biological units in the asymmetric unit (chains A & B)

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要素

#1: タンパク質 histidine-containing phosphotransfer protein


分子量: 16780.982 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa (イネ) / 遺伝子: AK104879 / プラスミド: PVP-13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) P(LACI+RARE) / 参照: UniProt: Q6VAK4
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.6 %
結晶化温度: 293 K / pH: 6.5
詳細: 10 MG/ML PROTEIN, 1.0 M SODIUM CITRATE, 0.10 M PIPES, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K, pH 6.50

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97942
検出器タイプ: APS-1 / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月16日
詳細: SAGITALLY FOCUSING 2ND CRYSTAL, ROSENBAUM-ROCK VERTICAL FOCUSING MIRROR
放射モノクロメーター: ROSENBAUM-ROCK DOUBLE-CRYSTAL MONOCHROMATOR: WATER COOLED
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97942 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 8.4 % / 数: 24495 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Χ2: 0.977 / D res high: 2 Å / D res low: 50 Å / % possible obs: 98.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.935094.210.0390.9679.1
3.914.9397.710.0431.0818.4
3.423.9198.310.0551.119
3.113.4298.810.0720.9519.2
2.883.1198.710.0980.979.2
2.712.8899.510.1280.9719
2.582.7199.910.1741.0088.9
2.472.5899.910.1990.9748.7
2.372.4799.810.2390.9888.4
2.292.3799.610.270.9698.2
2.222.2999.810.3010.9828
2.152.2299.810.3350.9187.9
2.12.1599.710.3950.897.7
2.052.199.510.4870.9317.5
22.0599.510.5960.9037.2
反射解像度: 2→37.77 Å / Num. obs: 24495 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 16.747
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.596 / Mean I/σ(I) obs: 3.521 / % possible all: 99.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 0.515 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.47
最高解像度最低解像度
Rotation4 Å37.77 Å
Translation4 Å37.77 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMACrefmac_5.2.0005精密化
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1WN0

1wn0


解像度: 2→37.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 3.518 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.152 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. MOLPROBITY USED TO ASSIST IN FINAL MODEL BUILDING.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2272 1249 5.1 %RANDOM
Rwork0.17246 ---
all0.175 ---
obs0.17525 23200 98.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.782 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å20 Å20 Å2
2--0.11 Å20 Å2
3----0.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→37.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2183 0 0 319 2502
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0222209
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6091.952972
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0335272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.97125.69116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.90815405
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.8381512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.2342
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021656
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.21147
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.21559
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1670.2235
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1910.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1890.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.93941427
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5342199
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.616875
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.3298773
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDRefine-IDRms dev position (Å)Weight position
11X-RAY DIFFRACTION0.60.5
22X-RAY DIFFRACTION2.032
LS精密化 シェル解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 86 -
Rwork0.192 1711 -
obs--99.39 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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