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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ypp | ||||||
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タイトル | ACID ANHYDRIDE HYDROLASE | ||||||
要素 | INORGANIC PYROPHOSPHATASE無機ピロホスファターゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Cytosolic tRNA aminoacylation / Mitochondrial tRNA aminoacylation / Pyrophosphate hydrolysis / 無機ピロホスファターゼ / inorganic diphosphate phosphatase activity / phosphate-containing compound metabolic process / magnesium ion binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Harutyunyan, E.H. / Kuranova, I.P. / Lamzin, V.S. / Dauter, Z. / Wilson, K.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1996 タイトル: X-ray structure of yeast inorganic pyrophosphatase complexed with manganese and phosphate. 著者: Harutyunyan, E.H. / Kuranova, I.P. / Vainshtein, B.K. / Hohne, W.E. / Lamzin, V.S. / Dauter, Z. / Teplyakov, A.V. / Wilson, K.S. #1: ジャーナル: Crystallography reports / 年: 1996 タイトル: Structure of Inorganic Pyrophosphatase from E. Coli and its Complex with a Mn2+ Ion at 2.2 Angstroms Resolution 著者: Harutyunyan, E.H. / Oganessyan, V.Yu. / Oganessyan, N.N. / Terzyan, S.S. / Popov, A.N. / Rubinskiy, S.V. / Vainshtein, B.K. / Nazarova, T.I. / Kurilova, S.A. / Vorobyova, N.N. / Avaeva, S.M. #2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1995 タイトル: New Crystal Forms of Escherichia Coli and Saccharomyces Cerevisiae Soluble Inorganic Pyrophosphatases 著者: Heikineimo, P. / Salminen, T. / Lahti, R. / Cooperman, B. / Goldman, A. #3: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1994 タイトル: Crystal Structure of Inorganic Pyrophosphatase from Thermus Thermophilus 著者: Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Wilson, K.S. / Ishii, K. / Kaji, H. / Samejima, T. / Kuranova, I. #4: ジャーナル: Protein Eng. / 年: 1994 タイトル: The Structure of E.Coli Soluble Inorganic Pyrophosphatase at 2.7 A Resolution 著者: Kankare, J. / Neal, G.S. / Salminen, T. / Glumhoff, T. / Cooperman, B.S. / Lahti, R. / Goldman, A. #5: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1992 タイトル: Two Pathways of Pyrophosphate Hydrolysis and Synthesis by Yeast Inorganic Pyrophosphatase 著者: Baykov, A.A. / Shestakov, A.S. #6: ジャーナル: Kristallografiya / 年: 1991 タイトル: Crystal Structure of Mnpi Complex of Yeast Inorganic Pyrophosphatase at 2.35 Angstroms Resolution (Russian) 著者: Chirgadze, N.Yu. / Kuranova, I.P. / Nevskaya, N.A. / Teplyakov, A.V. / Wilson, K.S. / Strokopytov, B.N. / Harutyunyan, E.H. / Hohne, W.E. #7: ジャーナル: Kristallografiya / 年: 1990 タイトル: The Growing of Crystals of Inorganic Pyrophosphatase from Yeast with Metal Ions and Phosphate (Russian) 著者: Kuranova, I.P. / Smirnova, E.A. / Chirgadze, N.Yu. #8: ジャーナル: Bioorg.Khim. / 年: 1986 タイトル: A Conformational Hypothesis of the Trans-Ligation of Metals which Activate Pyrophosphatase and Related Enzymes (Russian) 著者: Kuranova, I.P. / Sokolov, V.I. #9: ジャーナル: Bioorg.Khim. / 年: 1984 タイトル: Inorganic Pyrophosphatase from Yeast at 3 A Resolution (Russian) 著者: Terzyan, S.S. / Voronova, A.A. / Smirnova, E.A. / Kuranova, I.P. / Nekrasov, Yu.V. / Harutyunyan, E.G. / Vainshtein, B.K. / Hohne, W. / Hansen, G. #10: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1984 タイトル: Investigations of the Metal Ion-Binding Sites of Yeast Inorganic Pyrophosphatase 著者: Knight, W.B. / Dunaway-Mariano, D. / Ransom, S.C. / Villafranca, J.J. #11: ジャーナル: Methods Enzymol. / 年: 1982 タイトル: The Mechanism of Action of Yeast Inorganic Pyrophosphatase 著者: Cooperman, B.S. #12: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1974 タイトル: Yeast Inorganic Pyrophosphatase: Studies on Metal Binding 著者: Baykov, A.A. / Avaeva, S.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ypp.cif.gz | 130.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ypp.ent.gz | 102.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ypp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yp/1ypp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yp/1ypp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.99734, -0.0405, -0.06061), ベクター: 詳細 | THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS A DIMER. THE TWO CHEMICALLY IDENTICAL SUBUNITS ARE RELATED BY A NON-CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD SYMMETRY AXIS. ONLY 282 RESIDUES IN BOTH SUBUNITS ARE VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY. | |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32151.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 細胞株: S2 / 参照: UniProt: P00817, 無機ピロホスファターゼ #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 化合物 | ChemComp-PO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.19 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 6.2 / 手法: unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 1.38 |
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検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.38 Å / 相対比: 1 |
反射 | 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 37.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / Num. obs: 21721 / % possible obs: 79 % |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 2.44 Å / % possible obs: 62 % / Rmerge(I) obs: 0.199 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.4→10 Å / σ(F): 0 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 29.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati sigma a obs: 0.37 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |