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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1yla | ||||||
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タイトル | Ubiquitin-conjugating enzyme E2-25 kDa (Huntington interacting protein 2) | ||||||
要素 | Ubiquitin-conjugating enzyme E2-25 kDa | ||||||
キーワード | LIGASE (リガーゼ) / UBIQUITIN (ユビキチン) / UBIQUITIN- CONJUGATING ENZYME / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / SGC / Structural Genomics Consortium | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 free ubiquitin chain polymerization / regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / filopodium tip / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / ユビキチン結合酵素 / ubiquitin conjugating enzyme activity / protein K48-linked ubiquitination / cellular response to interferon-beta ...free ubiquitin chain polymerization / regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / filopodium tip / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / ユビキチン結合酵素 / ubiquitin conjugating enzyme activity / protein K48-linked ubiquitination / cellular response to interferon-beta / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / ubiquitin protein ligase binding / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Choe, J. / Avvakumov, G.V. / Newman, E.M. / Mackenzie, F. / Kozieradzki, I. / Bochkarev, A. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Dhe-paganon, S. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010 タイトル: Structural basis of E2-25K/UBB+1 interaction leading to proteasome inhibition and neurotoxicity 著者: Ko, S. / Kang, G.B. / Song, S.M. / Lee, J.-G. / Shin, D.Y. / Yun, J.-H. / Sheng, Y. / Cheong, C. / Jeon, Y.H. / Jung, Y.-K. / Arrowsmith, C.H. / Avvakumov, G.V. / Dhe-Paganon, S. / Yoo, Y.J. / Eom, S.H. / Lee, W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1yla.cif.gz | 92.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1yla.ent.gz | 69.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1yla.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/1yla ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/1yla | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22574.721 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HIP2, LIG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61086, ユビキチンリガーゼ #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.444 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.74 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 8000, calcium acetate, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K, pH 6.50 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年12月10日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 15647 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 2.23 % / Biso Wilson estimate: 31.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 11 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 2.21 % / Rmerge(I) obs: 0.164 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 96.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1TTE 解像度: 2.4→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 489316.64 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.18 Å2 / ksol: 0.39 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.033 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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