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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1yfs | ||||||
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タイトル | The crystal structure of alanyl-tRNA synthetase in complex with L-alanine | ||||||
要素 | Alanyl-tRNA synthetaseアラニンtRNAリガーゼ | ||||||
キーワード | LIGASE (リガーゼ) / alpha-beta fold / helix-loop-helix motif / amino acid binding (アミノ酸) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 アラニンtRNAリガーゼ / alanine-tRNA ligase activity / alanyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA editing activity / tRNA binding / zinc ion binding / ATP binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aquifex aeolicus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å | ||||||
データ登録者 | Swairjo, M.A. / Schimmel, P.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2005 タイトル: Breaking sieve for steric exclusion of a noncognate amino acid from active site of a tRNA synthetase. 著者: Swairjo, M.A. / Schimmel, P.R. #1: ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2004 タイトル: Alanyl-tRNA synthetase crystal structure and design for acceptor-stem recognition 著者: Swairjo, M.A. / Otero, F.J. / Yang, X.-L. / Lovato, M.A. / Skene, R.J. / McRee, D.E. / Ribas de Pouplana, L. / Schimmel, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1yfs.cif.gz | 194.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1yfs.ent.gz | 154.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1yfs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/1yfs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/1yfs | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | The assymetric unit contains two biological units. The biological unit is the complex of one alanyl-tRNA synthetase molecule with one L-alanine molecule. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53772.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: alaS / プラスミド: PET20B+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: O67323, アラニンtRNAリガーゼ #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.05 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: PEG 5000 mme, NaCl, Tris-Cl, Tris-base, L-alanine, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.08→50 Å / Num. obs: 57744 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1RIQ 解像度: 2.08→50 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 22.6 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.08→50 Å
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