+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1yc2 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Sir2Af2-NAD-ADPribose-nicotinamide | ||||||
要素 | NAD-dependent deacetylase 2 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / sir2 / sirtuin (サーチュイン遺伝子) / nicotinamide (ニコチンアミド) / NAD / ADPribose / ternary complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein-malonyllysine demalonylase activity / protein-succinyllysine desuccinylase activity / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / protein acetyllysine N-acetyltransferase / NAD+ binding / transferase activity / zinc ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Avalos, J.L. / Bever, M.K. / Wolberger, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2005 タイトル: Mechanism of Sirtuin Inhibition by Nicotinamide: Altering the NAD(+) Cosubstrate Specificity of a Sir2 Enzyme. 著者: Avalos, J.L. / Bever, K.M. / Wolberger, C. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1yc2.cif.gz | 269.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1yc2.ent.gz | 216.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1yc2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/1yc2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/1yc2 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
4 |
| ||||||||
5 |
| ||||||||
6 |
| ||||||||
7 |
| ||||||||
8 |
| ||||||||
9 |
| ||||||||
10 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 28537.006 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属) 遺伝子: npdA2 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLysS 参照: UniProt: O30124, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 |
---|
-非ポリマー , 10種, 287分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-NAD / #5: 化合物 | ChemComp-NCA / #6: 化合物 | ChemComp-EDO / #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-PG4 / | #9: 化合物 | ChemComp-PGE / | #10: 化合物 | ChemComp-APR / | #11: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.7 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: HEPES, ammonium sulfate, PEG400, nicotinamide, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.099997 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年4月20日 |
放射 | モノクロメーター: 2 CRYSTAL SI MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.099997 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 59851 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 19.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / % possible all: 82.1 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.7 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|