PDB-1y08: Structure of the Streptococcal Endopeptidase IdeS, a Novel Cystei...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1y08

タイトル

Structure of the Streptococcal Endopeptidase IdeS, a Novel Cysteine Proteinase with Strict Specificity for IgG

要素

hypothetical protein SPy0861

仮説

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

cysteine proteinase (システイン) / papain-like fold with major insertions

機能・相同性

Ig protease IdeS / Mac 1 /

Cysteine proteinases /

Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily /

peptidase activity /

Alpha-Beta Complex / Alpha Beta / IgG-degrading enzyme/Mac-1 IdeZ

機能・相同性情報

生物種

Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.93 Å

データ登録者

Wenig, K. / Chatwell, L. / von Pawel-Rammingen, U. / Bjoerck, L. / Huber, R. / Sondermann, P.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2004
タイトル: Structure of the streptococcal endopeptidase IdeS, a cysteine proteinase with strict specificity for IgG
著者: Wenig, K. / Chatwell, L. / von Pawel-Rammingen, U. / Bjoerck, L. / Huber, R. / Sondermann, P.

履歴

登録	2004年11月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2004年12月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年11月10日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1y08.cif.gz	70.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1y08.ent.gz	55.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1y08.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/1y08 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/1y08	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3u5w-1 2au1-d 5bt9-4 1oaa-d 5mn6-2 1lda-d 1fx8-d 2imz-d 5mn8-1 6ebd-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: hypothetical protein SPy0861

ヘテロ分子

36.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.371, 86.829, 57.664
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

詳細

The biological assembly is a monomer

#1: タンパク質	hypothetical protein SPy0861 / 仮説 / IdeS / IgG-degrading enzyme 分子量: 36393.676 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 49-339 / 変異: C94S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta DE3 / 参照: UniProt: Q9F1R7
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.5 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: PEG 2000 MME, ammonium sulfate, sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG

/ ビームライン: BW6 / 波長: 0.97910, 0.95, 0.97935, 1.05

検出器

タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月9日

放射

モノクロメーター: ROEMO type double crystal monochromator
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9791	1
2	0.95	1
3	0.97935	1
4	1.05	1

反射

解像度: 1.93→20 Å / Num. all: 186153 / Num. obs: 24440 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / B_iso Wilson estimate: 18.58 Å² / R_merge(I) obs: 0.063

反射シェル

解像度: 1.93→2 Å / R_merge(I) obs: 0.266 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
DENZO	データ削減
SCALEPACK	データスケーリング
SHARP	位相決定
CNS	精密化

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.93→20 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	Selection details
R_free	0.235	1911	RANDOM
R_work	0.196	-	-
all	-	24440	-
obs	-	24385	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.93→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2280	0	5	206	2491

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.0086
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.37

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