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- PDB-1xls: Crystal structure of the mouse CAR/RXR LBD heterodimer bound to T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xls
タイトルCrystal structure of the mouse CAR/RXR LBD heterodimer bound to TCPOBOP and 9cRA and a TIF2 peptide containg the third LXXLL motifs
要素
  • Nuclear receptor coactivator 2核内受容体コアクチベーター2
  • Orphan nuclear receptor NR1I3
  • Retinoic acid receptor RXR-alpha
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / LBD / nuclear receptor (核内受容体) / CAR (自動車) / xenobiotic (生体異物)
機能・相同性
機能・相同性情報


HATs acetylate histones / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts / Recycling of bile acids and salts / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Nuclear Receptor transcription pathway / positive regulation of glucocorticoid receptor signaling pathway ...HATs acetylate histones / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts / Recycling of bile acids and salts / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Nuclear Receptor transcription pathway / positive regulation of glucocorticoid receptor signaling pathway / Cytoprotection by HMOX1 / positive regulation of transporter activity / retinoic acid-responsive element binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / nuclear glucocorticoid receptor binding / positive regulation of thyroid hormone mediated signaling pathway / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / nuclear retinoic acid receptor binding / Carnitine metabolism / anatomical structure development / ion binding / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / retinoic acid binding / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / nuclear vitamin D receptor binding / positive regulation of female receptivity / nuclear thyroid hormone receptor binding / Signaling by Retinoic Acid / DNA binding domain binding / nuclear steroid receptor activity / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / LBD domain binding / locomotor rhythm / aryl hydrocarbon receptor binding / regulation of lipid metabolic process / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of glucose metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts / positive regulation of cholesterol efflux / retinoic acid receptor signaling pathway / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / positive regulation of bone mineralization / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / DNA polymerase binding / nuclear retinoid X receptor binding / response to retinoic acid / Recycling of bile acids and salts / cellular response to hormone stimulus / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / RORA activates gene expression / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / hormone-mediated signaling pathway / cerebellum development / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / nuclear receptor coactivator activity / response to progesterone / transcription coregulator binding / nuclear estrogen receptor binding / nuclear receptor binding / peptide binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / circadian regulation of gene expression / Heme signaling / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / osteoblast differentiation / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Nuclear Receptor transcription pathway / 概日リズム / Transcriptional regulation of granulopoiesis / RNA polymerase II transcription regulator complex / male gonad development / nuclear receptor activity / Circadian Clock / sequence-specific double-stranded DNA binding / response to estradiol / double-stranded DNA binding / 遺伝子発現の調節 / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / 樹状突起スパイン / 細胞分化 / transcription coactivator activity / receptor complex / 細胞骨格 / protein dimerization activity / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific
類似検索 - 分子機能
Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Thyroid hormone receptor / Retinoid X receptor/HNF4 / 核内受容体コアクチベーター2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily ...Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Thyroid hormone receptor / Retinoid X receptor/HNF4 / 核内受容体コアクチベーター2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / PAS domain / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Nuclear receptor coactivator, interlocking / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / 核内受容体 / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(9cis)-retinoic acid / Chem-TCD / Nuclear receptor subfamily 1 group I member 3 / Retinoic acid receptor RXR-alpha / 核内受容体コアクチベーター2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.96 Å
データ登録者Suino, K. / peng, L. / Reynolds, R. / Li, Y. / Cha, J.-Y. / Repa, J.J. / Kliewer, S.A. / Xu, H.E.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2004
タイトル: The nuclear xenobiotic receptor CAR: structural determinants of constitutive activation and heterodimerization.
著者: Suino, K. / Peng, L. / Reynolds, R. / Li, Y. / Cha, J.Y. / Repa, J.J. / Kliewer, S.A. / Xu, H.E.
履歴
登録2004年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32016年11月9日Group: Non-polymer description / Source and taxonomy
改定 1.42017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Retinoic acid receptor RXR-alpha
B: Retinoic acid receptor RXR-alpha
C: Retinoic acid receptor RXR-alpha
D: Retinoic acid receptor RXR-alpha
E: Orphan nuclear receptor NR1I3
F: Orphan nuclear receptor NR1I3
G: Orphan nuclear receptor NR1I3
H: Orphan nuclear receptor NR1I3
I: Nuclear receptor coactivator 2
J: Nuclear receptor coactivator 2
K: Nuclear receptor coactivator 2
L: Nuclear receptor coactivator 2
M: Nuclear receptor coactivator 2
N: Nuclear receptor coactivator 2
O: Nuclear receptor coactivator 2
P: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)235,87524
ポリマ－233,06516
非ポリマー2,8108
水1,58588
1
A: Retinoic acid receptor RXR-alpha
E: Orphan nuclear receptor NR1I3
I: Nuclear receptor coactivator 2
M: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,9696
ポリマ－58,2664
非ポリマー7022
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6540 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area22230 Å2
手法PISA
2
B: Retinoic acid receptor RXR-alpha
F: Orphan nuclear receptor NR1I3
J: Nuclear receptor coactivator 2
N: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,9696
ポリマ－58,2664
非ポリマー7022
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6580 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area22180 Å2
手法PISA
3
C: Retinoic acid receptor RXR-alpha
G: Orphan nuclear receptor NR1I3
K: Nuclear receptor coactivator 2
O: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,9696
ポリマ－58,2664
非ポリマー7022
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6520 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area22220 Å2
手法PISA
4
D: Retinoic acid receptor RXR-alpha
H: Orphan nuclear receptor NR1I3
L: Nuclear receptor coactivator 2
P: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,9696
ポリマ－58,2664
非ポリマー7022
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6520 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area22270 Å2
手法PISA
5
B: Retinoic acid receptor RXR-alpha
F: Orphan nuclear receptor NR1I3
J: Nuclear receptor coactivator 2
N: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子

D: Retinoic acid receptor RXR-alpha
H: Orphan nuclear receptor NR1I3
L: Nuclear receptor coactivator 2
P: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子

A: Retinoic acid receptor RXR-alpha
C: Retinoic acid receptor RXR-alpha
E: Orphan nuclear receptor NR1I3
G: Orphan nuclear receptor NR1I3
I: Nuclear receptor coactivator 2
K: Nuclear receptor coactivator 2
M: Nuclear receptor coactivator 2
O: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)235,87524
ポリマ－233,06516
非ポリマー2,8108
水27015
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation1_546x,y-1,z+11
crystal symmetry operation1_646x+1,y-1,z+11
identity operation1_555x,y,z1
Buried area32370 Å2
ΔGint-219 kcal/mol
Surface area82680 Å2
手法PISA
6
A: Retinoic acid receptor RXR-alpha
C: Retinoic acid receptor RXR-alpha
E: Orphan nuclear receptor NR1I3
G: Orphan nuclear receptor NR1I3
I: Nuclear receptor coactivator 2
K: Nuclear receptor coactivator 2
M: Nuclear receptor coactivator 2
O: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,93812
ポリマ－116,5338
非ポリマー1,4054
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15410 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area42100 Å2
手法PISA
7
B: Retinoic acid receptor RXR-alpha
F: Orphan nuclear receptor NR1I3
J: Nuclear receptor coactivator 2
N: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子

D: Retinoic acid receptor RXR-alpha
H: Orphan nuclear receptor NR1I3
L: Nuclear receptor coactivator 2
P: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,93812
ポリマ－116,5338
非ポリマー1,4054
水1267
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area15520 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area42030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.271, 88.381, 105.494
Angle α, β, γ (deg.)79.02, 85.81, 67.22
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Retinoic acid receptor RXR-alpha


分子量: 26011.125 Da / 分子数: 4 / 断片: CAR LBD / 変異: residues 116-238 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: human / プラスミド: PETDUET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: P19793
#2: タンパク質
Orphan nuclear receptor NR1I3 / Constitutive androstane receptor / CAR


分子量: 28004.400 Da / 分子数: 4 / 断片: RXRalpha LBD / 変異: residues 225-462 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: mouse / プラスミド: PET24 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: O35627

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 8分子 IJKLMNOP

#3: タンパク質・ペプチド
Nuclear receptor coactivator 2 / 核内受容体コアクチベーター2 / NCoA-2 / Transcriptional intermediary factor 2


分子量: 2125.381 Da / 分子数: 8 / 断片: TIF2 / 変異: the third LXXLL motif / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: Q9WUI9

-
非ポリマー , 3種, 96分子

#4: 化合物
ChemComp-9CR / (9cis)-retinoic acid / Alitretinoin


分子量: 300.435 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O2 / コメント: 抗がん剤, 抗腫瘍剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-TCD / 3,5-DICHLORO-2-{4-[(3,5-DICHLOROPYRIDIN-2-YL)OXY]PHENOXY}PYRIDINE / TCPOBOP


分子量: 402.059 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H8Cl4N2O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10% PEG2K, 3% 1,6 hexanediol, 0.1 M di-ammonium tartrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 32-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月17日 / 詳細: diamond crystal
放射モノクロメーター: diamond crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.96→20 Å / Num. all: 45946 / Num. obs: 42821 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.171 / Rsym value: 0.121 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.96→3.06 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.88 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 4227 / Rsym value: 0.76 / % possible all: 92.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.96→19.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1528881.54 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.303 3463 8.1 %RANDOM
Rwork0.255 ---
all0.259 45946 --
obs0.255 42670 92.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 23.5547 Å2 / ksol: 0.295007 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.51 Å2-5.9 Å20 Å2
2---1.74 Å2-3.16 Å2
3---4.25 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.54 Å0.45 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.67 Å0.54 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.96→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16016 0 184 88 16288
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.96
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 2.96→3.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.403 518 8.2 %
Rwork0.366 5778 -
obs--80.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION39CRA.PAR9CRA.TOP
X-RAY DIFFRACTION4TCP.PARTCP.TOP

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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