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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1wba | ||||||
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タイトル | WINGED BEAN ALBUMIN 1 | ||||||
要素 | WINGED BEAN ALBUMIN 1 | ||||||
キーワード | SEED STORAGE PROTEIN / ALBUMIN (アルブミン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Psophocarpus tetragonolobus (シカクマメ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換, 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Mccoy, A.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1987 タイトル: Crystallization and preliminary crystallographic data of the major albumin from Psophocarpus tetragonolobus (L.) DC. 著者: Dayan, S.M. / Van Donkelaar, A. / Kortt, A.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1wba.cif.gz | 45.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1wba.ent.gz | 32.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1wba.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/1wba ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/1wba | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19356.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Psophocarpus tetragonolobus (シカクマメ) 参照: UniProt: P15465 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 詳細: VAPOR DIFFUSION FROM PROTEIN AT 5MG/ML IN 0.1M SUCCINATE BUFFER PH 5.5 EQUILIBRATED AGAINST 30% ETHANOL., vapor diffusion |
結晶化 | *PLUS 手法: unknown |
溶液の組成 | *PLUS 濃度: 30 % / 一般名: ethanol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 286 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1.04 |
検出器 | タイプ: WEISSENBERG / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1994年12月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.04 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 12039 / % possible obs: 80 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.1 % / Biso Wilson estimate: 14.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 4.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換, 分子置換 開始モデル: SOYBEAN TRYPSIN INHIBITOR 解像度: 1.8→15 Å / σ(F): 0 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 9.5 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→2 Å /
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.19 / Rfactor Rwork: 0.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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