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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1w5m | ||||||
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タイトル | Stepwise introduction of zinc binding site into porphobilinogen synthase of Pseudomonas aeruginosa (mutations A129C and D139C) | ||||||
要素 | DELTA-AMINOLEVULINIC ACID DEHYDRATASE | ||||||
キーワード | SYNTHASE / EVOLUTION (進化) / METALLOENZYME (金属タンパク質) / PORPHOBILINOGEN SYNTHASE / PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / PROTEIN ENGINEERING (タンパク質工学) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 porphobilinogen synthase / porphobilinogen synthase activity / porphyrin-containing compound biosynthetic process / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / heme biosynthetic process / zinc ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Frere, F. / Reents, H. / Schubert, W.-D. / Heinz, D.W. / Jahn, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005 タイトル: Tracking the Evolution of Porphobilinogen Synthase Metal Dependence in Vitro 著者: Frere, F. / Reents, H. / Schubert, W.-D. / Heinz, D.W. / Jahn, D. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 11-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 12-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1w5m.cif.gz | 171.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1w5m.ent.gz | 136.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1w5m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w5/1w5m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w5/1w5m | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.83857, 0.54479, 0.00358), ベクター: |
-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 37084.020 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: PAO1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q59643, porphobilinogen synthase |
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-非ポリマー , 5種, 900分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
構成要素の詳細 | CATALYTIC ACTIVITY: 2 5-AMINOLEVULINATE = PORPHOBILINOGEN + 2 H(2)O. ENGINEERED MUTATION IN CHAINS ...CATALYTIC ACTIVITY: 2 5-AMINOLEVUL |
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配列の詳細 | ACCIDENTAL POINT MUTATION IN THE ORIGINAL GENE CAUSES I199V, TWO ADDITIONAL ENGINEERED MUTATIONS ...ACCIDENTAL |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.75 % |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: HANGING DROP. DROPS WERE MIXED OF 5 MICROLITER OF PROTEIN SOLUTION (7.5 MG/ML PROTEIN, 50 MM NA-HEPES PH 7.5, 10MM MGCL2, 10MM ZNCL2, 10 MM BETA-MERCAPTOETHANOLE) PLUS 5 MICROLITER OF ...詳細: HANGING DROP. DROPS WERE MIXED OF 5 MICROLITER OF PROTEIN SOLUTION (7.5 MG/ML PROTEIN, 50 MM NA-HEPES PH 7.5, 10MM MGCL2, 10MM ZNCL2, 10 MM BETA-MERCAPTOETHANOLE) PLUS 5 MICROLITER OF RESERVOIR SOLUTION (30.0 % (W/V) PEG 400, 100MM NA-HEPES PH 8.5, 200 MM MGCL2, 20MM BETA-MERCAPTOETHANOLE) ON GLASS COVER SLIDES, HANGING ABOVE 500 MICROLITER OF RESERVOIR SOLUTION. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年8月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.05 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→20 Å / Num. obs: 90595 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 32.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1B4K 解像度: 1.6→87.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 1.21 / SU ML: 0.044 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.074 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.2 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→87.71 Å
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拘束条件 |
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