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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vni | ||||||
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タイトル | CHLOROPEROXIDASE FROM THE FUNGUS CURVULARIA INAEQUALIS: RECOMBINANT HOLO-CHLOROPEROXIDASE | ||||||
要素 | VANADIUM CHLOROPEROXIDASE | ||||||
キーワード | HALOPEROXIDASE / VANADIUM-CONTAINING HALOPEROXIDASE / OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / RECOMBINANT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Curvularia inaequalis (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / その他 / 解像度: 2.15 Å | ||||||
データ登録者 | Macedo-Ribeiro, S. / Messerschmidt, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 1999 タイトル: X-ray crystal structures of active site mutants of the vanadium-containing chloroperoxidase from the fungus Curvularia inaequalis. 著者: Macedo-Ribeiro, S. / Hemrika, W. / Renirie, R. / Wever, R. / Messerschmidt, A. #1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1996 タイトル: X-Ray Structure of a Vanadium-Containing Enzyme: Chloroperoxidase from the Fungus Curvularia Inaequalis 著者: Messerschmidt, A. / Wever, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1vni.cif.gz | 127 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1vni.ent.gz | 98.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1vni.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vn/1vni ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vn/1vni | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 67627.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Curvularia inaequalis (菌類) / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 参照: UniProt: P49053, クロライドペルオキシダーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-VO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8 / 詳細: pH 8.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 287 K |
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放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | 日付: 1998年6月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→15 Å / Num. obs: 39327 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 6.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.27 Å / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 95.6 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 164218 / Rmerge(I) obs: 0.069 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 95.6 % / Rmerge(I) obs: 0.278 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: その他 / 解像度: 2.15→8 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 31.22 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.23 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→8 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.181 / Rfactor Rfree: 0.226 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.15 Å / 最低解像度: 2.27 Å / Rfactor Rfree: 0.243 / Rfactor obs: 0.258 |