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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vkl | ||||||
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タイトル | RABBIT MUSCLE PHOSPHOGLUCOMUTASE | ||||||
要素 | PHOSPHOGLUCOMUTASE | ||||||
キーワード | PHOSPHOTRANSFERASE / PHOSPHOGLUCOMUTASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphoglucomutase (alpha-D-glucose-1,6-bisphosphate-dependent) / phosphoglucomutase activity / 筋小胞体 / glucose metabolic process / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Ray Junior, W.J. / Baranidharan, S. / Liu, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993 タイトル: Structural changes at the metal ion binding site during the phosphoglucomutase reaction. 著者: Ray Jr., W.J. / Post, C.B. / Liu, Y. / Rhyu, G.I. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1992 タイトル: The Crystal Structure of Muscle Phosphoglucomutase Refined at 2.7-Angstrom Resolution 著者: Dai, J.B. / Liu, Y. / Ray Junior, W.J. / Konno, M. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1986 タイトル: The Catalytic Activity of Muscle Phosphoglucomutase in the Crystalline Phase 著者: Ray Junior, W.J. #3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1986 タイトル: The Structure of Rabbit Muscle Phosphoglucomutase at Intermediate Resolution 著者: Lin, Z. / Konno, M. / Abad-Zapatero, C. / Wierenga, R. / Murthy, M.R. / Ray Junior, W.J. / Rossmann, M.G. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX THE MONOMER CAN BE SUBDIVIDED INTO FOUR SEQUENCE DOMAINS: THE FINAL COLUMN OF THE HELIX ...HELIX THE MONOMER CAN BE SUBDIVIDED INTO FOUR SEQUENCE DOMAINS: THE FINAL COLUMN OF THE HELIX IDENTIFIER, 1-4, DESIGNATES THE DOMAINS; FOR STRANDS, THE DOMAINS ARE DESIGNATED BY THE NUMBERS IN THE SECOND COLUMN, 1-4, FOLLOWED BY EITHER B OR A SPATIAL RELATIONSHIP EXISTS BETWEEN GROUPS OF HELICES/STR IN DOMAINS 1-3. IN ORDER TO EMPHASIZE THIS RELATIONSHIP, AS 4S-1S. THUS, A SPATIAL DOMAIN-DOMAIN RELATIONSHIP EXIST AMONG STANDS/HELICES WHOSE DESIGNATOR CONTAINS 1S-4S IN THE SECOND COLUMN OR ENDS WITH 1-4, RESPECTIVELY. DOMAINS 1, 2, 3 IN MONOMER 1 AND MONOMER 2 ARE RELATED BY A ROTATION MATRIX GIVEN AS MTRIX1. DOMAIN 4 IN MONOMER 1 AND MONOMER 2 ARE RELATED BY A DIFFERENT ROTATION MATRIX GIVEN AS MTRIX2. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1vkl.cif.gz | 227.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1vkl.ent.gz | 185.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1vkl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/1vkl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/1vkl | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3pmgS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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詳細 | THERE ARE TWO MONOMER COPIES PER ASYMMETRIC UNIT ALONG THE 4(1) SCREW AXIS. MONOMER A IS THE FIRST ENCOUNTERED IN AN ASYMMETRIC UNIT AS ONE MOVES CLOCKWISE ALONG A SCREW AXIS. AMINO ACID RESIDUES IN MONOMERS A AND B ARE DISTINGUISHED BY THE CHAIN IDENTIFIERS *A* AND *B*, RESPECTIVELY. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 61579.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: MUSCLE骨格筋 参照: UniProt: P00949, phosphoglucomutase (alpha-D-glucose-1,6-bisphosphate-dependent) #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 % | |||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.4 / 詳細: pH 6.4 | |||||||||||||||
結晶 | *PLUS | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown / 詳細: Lin, Z., (1986) J.Biol.Chem., 261, 264. | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 289 K |
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放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1993年10月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 46280 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.15 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 開始モデル: PDB ENTRY 3PMG 解像度: 2.7→6 Å / σ(F): 2 詳細: MOSTLY X-PLOR DEFAULT VALUES THE MODEL CONTAINS TEN RESIDUES, OUT OF 1122, THAT FALL IN THE GENEROUSLY ALLOWED REGION OF A RAMACHANDRAN PLOT AS DEFINED IN PROCHECK AND TWO RESIDUES IN THE ...詳細: MOSTLY X-PLOR DEFAULT VALUES THE MODEL CONTAINS TEN RESIDUES, OUT OF 1122, THAT FALL IN THE GENEROUSLY ALLOWED REGION OF A RAMACHANDRAN PLOT AS DEFINED IN PROCHECK AND TWO RESIDUES IN THE DISALLOWED REGION. THE TWO RESIDUES IN THE DISALLOWED REGION ARE SEP B 116 AND ASN B 461.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 34 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→6 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.17 / Rfactor Rfree: 0.21 / Rfactor Rwork: 0.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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