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万見
- PDB-1va6: Crystal structure of Gamma-glutamylcysteine synthetase from Esche... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1va6
タイトルCrystal structure of Gamma-glutamylcysteine synthetase from Escherichia Coli B complexed with Transition-state analogue
要素Glutamate--cysteine ligase
キーワードLIGASE (リガーゼ) / Glutathione homeostasis / Beta barrel (Βバレル) / Peptide synthesis (ペプチド合成) / Transition state analogue
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamate-cysteine ligase / glutamate-cysteine ligase activity / cellular response to mercury ion / glutathione biosynthetic process / cellular response to arsenic-containing substance / hyperosmotic response / ATP binding / metal ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #800 / Glutamate--cysteine ligase, monofunctional / Glutamate--cysteine ligase / Glutamate-cysteine ligase / Creatine Kinase; Chain A, domain 2 - #20 / Creatine Kinase; Chain A, domain 2 / Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special ...Helix Hairpins - #800 / Glutamate--cysteine ligase, monofunctional / Glutamate--cysteine ligase / Glutamate-cysteine ligase / Creatine Kinase; Chain A, domain 2 - #20 / Creatine Kinase; Chain A, domain 2 / Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-P2S / Glutamate--cysteine ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Hibi, T. / Nii, H. / Nakatsu, T. / Kato, H. / Hiratake, J. / Oda, J.
引用
ジャーナル: PROC.NATL.ACAD.SCI.USA / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of gamma-glutamylcysteine synthetase: insights into the mechanism of catalysis by a key enzyme for glutathione homeostasis
著者: Hibi, T. / Nii, H. / Nakatsu, T. / Kimura, A. / Kato, H. / Hiratake, J. / Oda, J.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: Escherichia coli B gamma-glutamylcysteine synthetase: modification, purification, crystallization and preliminary crystallographic analysis
著者: Hibi, T. / Hisada, H. / Nakatsu, T. / Kato, H. / Oda, J.
履歴
登録2004年2月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamate--cysteine ligase
B: Glutamate--cysteine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,84416
ポリマ－116,5382
非ポリマー2,30614
水6,233346
1
A: Glutamate--cysteine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,4228
ポリマ－58,2691
非ポリマー1,1537
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glutamate--cysteine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,4228
ポリマ－58,2691
非ポリマー1,1537
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.468, 97.360, 102.185
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.63, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Glutamate--cysteine ligase / Gamma-glutamylcysteine synthetase / Gamma-ECS / GCS


分子量: 58268.844 Da / 分子数: 2 / 変異: C106S, C164S, C205S, C223S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: GSH-I / プラスミド: pKGC20 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P0A6W9, glutamate-cysteine ligase

-
非ポリマー , 5種, 360分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-P2S / (2S)-2-AMINO-4-[[(2R)-2-CARBOXYBUTYL](PHOSPHONO)SULFONIMIDOYL]BUTANOIC ACID / N-PHOSPHORYL (2S)-2-AMINO-4-[(2S)-2-CARBOXYBUTYL-(R)-SULFONIMIDOYL]BUTANOIC ACID


分子量: 346.295 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H19N2O8PS
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 282.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 2000MME, MgCl2, Tris-HCl buffer, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月2日
放射モノクロメーター: ROTATED-INCLINED DOUBLE-CRYSTAL MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→48.8 Å / Num. all: 73644 / Num. obs: 73622 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.379 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 96.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1V4G

1v4g


解像度: 2.1→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 5.608 / SU ML: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.208 / ESU R Free: 0.169 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 3702 5 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.2 69912 97.02 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.5 Å20 Å2-2.32 Å2
2--0.64 Å20 Å2
3---0.3 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.319 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7998 0 142 346 8486
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0218339
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.027494
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3441.97511247
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.658317402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.00951003
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.21218
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.029167
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.021721
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.51830
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.290.58213
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1160.54178
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1980.5613
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.150.53
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1960.511
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3510.550
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1990.513
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.07325026
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.42238069
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.09623313
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.37433178
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.298 283
Rwork0.283 5073

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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