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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1v5c | ||||||
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タイトル | The crystal structure of the inactive form chitosanase from Bacillus sp. K17 at pH3.7 | ||||||
要素 | chitosanaseキトサナーゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / chitosan degradation / glycosil hydrolase / family 8 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / polysaccharide catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus sp. (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Adachi, W. / Shimizu, S. / Sunami, T. / Fukazawa, T. / Suzuki, M. / Yatsunami, R. / Nakamura, S. / Takenaka, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.MOL.BIOL. / 年: 2004 タイトル: Crystal structure of family GH-8 chitosanase with subclass II specificity from Bacillus sp. K17 著者: Adachi, W. / Sakihama, Y. / Shimizu, S. / Sunami, T. / Fukazawa, T. / Suzuki, M. / Yatsunami, R. / Nakamura, S. / Takenaka, A. #1: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2004 タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analyses of the active and the inactive forms of family GH-8 chitosanase with subclass II specificity from Bacillus sp. strain K17 著者: Sakihama, Y. / Adachi, W. / Shimizu, S. / Sunami, T. / Fukazawa, T. / Suzuki, M. / Yatsunami, R. / Nakamura, S. / Takenaka, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1v5c.cif.gz | 94.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1v5c.ent.gz | 71.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1v5c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/1v5c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/1v5c | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a monomer |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43608.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus sp. (バクテリア) / 株: K17 / 参照: UniProt: Q9ALZ1*PLUS, キトサナーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.92 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.7 詳細: PEG 4000, ammonium sulfate, sodium citrate, pH 3.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: OXFORD PX210 / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月10日 |
放射 | モノクロメーター: ROTATED-INCLINED SI(111) DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→39.51 Å / Num. all: 34918 / Num. obs: 34863 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.19 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 9.4 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 7.39 % / Rmerge(I) obs: 0.275 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 3462 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→37.51 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→37.51 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.01
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