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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1v1b | ||||||
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タイトル | 2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE KINASE FROM THERMUS THERMOPHILUS WITH BOUND ATP | ||||||
要素 | 2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE KINASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / 2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE KINASE / ATP / THERMUS THERMOPHILUS / STRUCTURAL GENOMICS / RIKEN STRUCTURAL GENOMICS/PROTEOMICS INITIATIVE / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 2-dehydro-3-deoxygluconokinase / 2-dehydro-3-deoxygluconokinase activity / phosphorylation / nucleotide binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Tahirov, T.H. / Inagaki, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2004 タイトル: Structure of Thermus thermophilus 2-Keto-3-deoxygluconate kinase: evidence for recognition of an open chain substrate. 著者: Ohshima, N. / Inagaki, E. / Yasuike, K. / Takio, K. / Tahirov, T.H. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004 タイトル: Crystallization and Preliminary Crystallographic Analysis of 2-Keto-3-Deoxygluconate Kinase from Thermus Thermophilus 著者: Inagaki, E. / Ukita, Y. / Kumei, M. / Kajihara, Y. / Tahirov, T.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1v1b.cif.gz | 237.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1v1b.ent.gz | 193 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1v1b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1v1b_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1v1b_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1v1b_validation.xml.gz | 50.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1v1b_validation.cif.gz | 67.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/1v1b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/1v1b | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33470.184 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) 株: HB8 / プラスミド: PET11A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q53W83*PLUS #2: 化合物 | ChemComp-ATP / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.6 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: VAPOUR-DIFFUSION SITTING DROP, AT 298 K. 10.0 MG/ML OF PROTEIN SOLUTION CONTAINING 5 MM ATP WAS MIXED WITH RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 0.35 M AMMONIUM SULFATE AND 0.1 M TRIS-HCL BUFFER, PH ...詳細: VAPOUR-DIFFUSION SITTING DROP, AT 298 K. 10.0 MG/ML OF PROTEIN SOLUTION CONTAINING 5 MM ATP WAS MIXED WITH RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 0.35 M AMMONIUM SULFATE AND 0.1 M TRIS-HCL BUFFER, PH 8.5. BEFORE THE DATA COLLECTION THE CRYSTAL WAS SOAKED IN SOLUTION CONTAINING 0.35 M MAGNESIUM CHLORIDE INSTEAD OF AMMONIUM SULFATE. THE CRYOPROTECTANT CONTAINED 33% OF ETHYLENE GLYCOL IN ADDITION TO MAGNESIUM CHLORIDE, BUFFER AND ATP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE R-AXISV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年3月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 36923 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(I): -0.4 / 冗長度: 2.41 % / Biso Wilson estimate: 20.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 9.93 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.284 / Mean I/σ(I) obs: 1.78 / % possible all: 87.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1V19 解像度: 2.6→29.46 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 438892.37 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: CRYSTAL IS WITH HEMIHEDRAL TWINNING, TWINNING OPERATOR IS "H, -H-K, -L", TWINNING FRACTION IS 0.5
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 60.3762 Å2 / ksol: 0.346608 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.46 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Rms dev position: 300 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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