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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1uzq | ||||||
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タイトル | Integrin binding cbEGF22-TB4-cbEGF33 fragment of human fibrillin-1, apo form cbEGF23 domain only. | ||||||
要素 | FIBRILLIN-1フィブリリン1 | ||||||
キーワード | MATRIX PROTEIN (基質タンパク質) / EXTRA-CELLULAR MATRIX / FIBRILLIN-1 (フィブリリン1) / CBEGF DOMAIN (EGF様ドメイン) / TB DOMAIN MATRIX PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 post-embryonic eye morphogenesis / extracellular matrix constituent conferring elasticity / sequestering of BMP in extracellular matrix / sequestering of TGFbeta in extracellular matrix / microfibril / embryonic eye morphogenesis / negative regulation of osteoclast development / metanephros development / Elastic fibre formation / camera-type eye development ...post-embryonic eye morphogenesis / extracellular matrix constituent conferring elasticity / sequestering of BMP in extracellular matrix / sequestering of TGFbeta in extracellular matrix / microfibril / embryonic eye morphogenesis / negative regulation of osteoclast development / metanephros development / Elastic fibre formation / camera-type eye development / Molecules associated with elastic fibres / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / cell adhesion mediated by integrin / extracellular matrix structural constituent / negative regulation of osteoclast differentiation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / 基底膜 / anatomical structure morphogenesis / Integrin cell surface interactions / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / Degradation of the extracellular matrix / 細胞外マトリックス / skeletal system development / Post-translational protein phosphorylation / hormone activity / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / integrin binding / heparin binding / heart development / collagen-containing extracellular matrix / 小胞体 / calcium ion binding / protein-containing complex binding / extracellular space / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Lee, S.S.J. / Knott, V. / Harlos, K. / Handford, P.A. / Stuart, D.I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2004 タイトル: Structure of the Integrin Binding Fragment from Fibrillin-1 Gives New Insights Into Microfibril Organization 著者: Lee, S.S.J. / Knott, V. / Jovanovi, J. / Harlos, K. / Grimes, J. / Choulier, L. / Mardon, H. / Stuart, D.I. / Handford, P.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1uzq.cif.gz | 40.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1uzq.ent.gz | 28.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1uzq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/1uzq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/1uzq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17332.436 Da / 分子数: 1 / 断片: BEGF22-TB4-CBEGF23, RESIDUES 1486-1647 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織: EXTRA-ELLULAR MATRIX / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): NM554 / 参照: UniProt: P35555 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 % |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: SITTING DROP VAPOUR DIFFUSION, 3 MICROLITRE OF 25MG/ML PROTEIN, 10MM TRIS PH7.5 + 0.5 MICROLITRES OF 40% V/V POLYPROPYLENE GLYCOL P400 + 2.5 MICROLITRES RESERVOIR SOLUTION (0.2M LISULFATE, 0. ...詳細: SITTING DROP VAPOUR DIFFUSION, 3 MICROLITRE OF 25MG/ML PROTEIN, 10MM TRIS PH7.5 + 0.5 MICROLITRES OF 40% V/V POLYPROPYLENE GLYCOL P400 + 2.5 MICROLITRES RESERVOIR SOLUTION (0.2M LISULFATE, 0.1M TRIS PH 8.5, 30% PEG 4000) BOTH PROTEIN AND RESERVOIR SOLUTIONS CONTAINED 5MM EDTA |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.542 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH 300MM / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年12月15日 / 詳細: OSMIC BLUE CONFOCAL |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.542 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 6275 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 19.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.344 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / % possible all: 98.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PBD FIBRILLIN SM BOUND FORM 解像度: 2.4→20 Å / Data cutoff high absF: 10000 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 80 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 13 /
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