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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ux0 | ||||||
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タイトル | Bacillus subtilis cytidine deaminase with an Arg56 - Gln substitution | ||||||
要素 | CYTIDINE DEAMINASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / CYTIDINE DEAMINASE / CDD / TETRAMER (四量体) / ZINC BINDING (亜鉛) / PYRIMIDINE METABOLISM / SALVAGE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytidine deaminase / cytidine deamination / : / cytidine deaminase activity / zinc ion binding / identical protein binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.99 Å | ||||||
データ登録者 | Johansson, E. / Neuhard, J. / Willemoes, M. / Larsen, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004 タイトル: Structural, Kinetic, and Mutational Studies of the Zinc Ion Environment in Tetrameric Cytidine Deaminase 著者: Johansson, E. / Neuhard, J. / Willemoes, M. / Larsen, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ux0.cif.gz | 65.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ux0.ent.gz | 47.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ux0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/1ux0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/1ux0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.999936, 0.001283, -0.011201), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14839.948 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / プラスミド: PTRCR56QCDA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): JF611 / 参照: UniProt: P19079, cytidine deaminase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENGINEERED MUTATION ARG 56 GLN IN CHAINS A AND B. THIS ENZYME SCAVENGES EXOGENOUS AND ENDOGENOUS ...ENGINEERED | 配列の詳細 | THIS IS AN R56Q MUTANT ENZYME | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 % |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6 詳細: VAPOUR DIFFUSION AT RT: PROTEIN: 4.6 MG/ML + 5 MM TETRAHYDRODEOXYURIDINE PRECIPITANT: 17-23 % MPD, 10 MM CALCIUM CHLORIDE 0.1 M SODIUM ACETATE, pH 4.60 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 0.968 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.968 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.99→20 Å / Num. obs: 16761 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 15.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 16.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.99→2.04 Å / Rmerge(I) obs: 0.351 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 99.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB ENTRY 1JTK 解像度: 1.99→19.95 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1404991.24 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.6491 Å2 / ksol: 0.335711 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.99→19.95 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.99→2.11 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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