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- PDB-1uuf: crystal structure of a zinc-type alcohol dehydrogenase-like prote... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uuf
タイトルcrystal structure of a zinc-type alcohol dehydrogenase-like protein yahK
要素ZINC-TYPE ALCOHOL DEHYDROGENASE-LIKE PROTEIN YAHK
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / ZINC BINDING (亜鉛) / OXYDOREDUCTASE / METAL-BINDING / BACTERIAL TARGETS AT IGS-CNRS / FRANCE (フランス) / BIGS / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス)
機能・相同性
機能・相同性情報


alcohol dehydrogenase (NADP+) / alcohol dehydrogenase (NADP+) activity / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site 1 / Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain ...D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site 1 / Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Aldehyde reductase YahK
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Jeudy, S. / Claverie, J.M. / Abergel, C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of a Yahk, a Zinc-Type Alcohol Dehydrogenase-Like Protein
著者: Jeudy, S. / Claverie, J.M. / Abergel, C.
履歴
登録2003年12月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ZINC-TYPE ALCOHOL DEHYDROGENASE-LIKE PROTEIN YAHK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5643
ポリマ－40,4331
非ポリマー1312
水6,756375
1
A: ZINC-TYPE ALCOHOL DEHYDROGENASE-LIKE PROTEIN YAHK
ヘテロ分子

A: ZINC-TYPE ALCOHOL DEHYDROGENASE-LIKE PROTEIN YAHK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,1286
ポリマ－80,8662
非ポリマー2624
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)69.536, 78.805, 70.685
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.60, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2182-

HOH

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要素

#1: タンパク質 ZINC-TYPE ALCOHOL DEHYDROGENASE-LIKE PROTEIN YAHK / YAHK


分子量: 40432.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THERE ARE TWO ZINC BINDING TO THE MOLECULE 7 RESIDUES (270-276) ARE MISSING IN THE STRUCTURE
由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K12 / プラスミド: PDEST17 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P75691
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 375 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細BELONGS TO THE ZINC-CONTAINING ALCOHOL DEHYDROGENASE FAMILY. HIGHLY SIMILAR TO PLANTS CINNAMYL- ...BELONGS TO THE ZINC-CONTAINING ALCOHOL DEHYDROGENASE FAMILY. HIGHLY SIMILAR TO PLANTS CINNAMYL-ALCOHOL DEHYDROGENASES.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化pH: 4.75
詳細: 14% MPD, NACL 0.1M, TRIS 0.1M, SODIUM ACETATE 10MM, ZN ACETATE 0.1MM, PH 4.75

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 1.2839,1.846,0.9796
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月15日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.28391
21.8461
30.97961
反射解像度: 1.76→1.86 Å / Num. obs: 35671 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 16.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 1.76→1.86 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.178 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.76→19.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 278526.54 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.208 1755 4.9 %RANDOM
Rwork0.184 ---
obs0.184 35478 99.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.2388 Å2 / ksol: 0.368296 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 20.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.99 Å20 Å2-0.08 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----1.99 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.21 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.12 Å0.08 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→19.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2583 0 2 375 2960
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.211.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.842
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.062
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.092.5
LS精密化 シェル解像度: 1.76→1.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 287 4.9 %
Rwork0.255 5559 -
obs--99.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAION.TO
X-RAY DIFFRACTION4CISPEP.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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