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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1uso | ||||||
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タイトル | DCOH, A BIFUNCTIONAL PROTEIN-BINDING TRANSCRIPTIONAL COACTIVATOR, PRO9LEU MUTANT | ||||||
要素 | HEPATOCYTE NUCLEAR FACTOR 1-ALPHA | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTIONAL STIMULATOR / DIMERIZATION COFACTOR / DEHYDRATASE (脱水酵素) / 4A-CARBINOLAMINE DEHYDRATASE / TRANSREGULATOR OF HOMEODOMAIN PROTEINS / RIKEN STRUCTURAL GENOMICS/PROTEOMICS INITIATIVE / RSGI / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase / 4-alpha-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase activity / tetrahydrobiopterin biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å | ||||||
データ登録者 | Tahirov, T.H. / Inagaki, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of Transcriptional Coactivator DCoH from Thermus Thermophilus 著者: Tahirov, T.H. / Inagaki, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1uso.cif.gz | 49.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1uso.ent.gz | 35.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1uso.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/us/1uso ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/us/1uso | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9492.650 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス) 株: HB8 / プラスミド: PET11A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5SHC7*PLUS #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE RESIDUE PROLINE AT POSITION 9 WAS MUTATED TO LEU | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 26.2 % |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 詳細: VAPOR DIFFUSION METHOD, RESERVOIR SOLUTION 15% PEG8000 AND 0.2M AMMONIUM SULFATE. CRYOPROTECTANT 22.5% GLYCEROL, 15% PEG8000 AND 0.2M AMMONIUM SULFATE, pH 6.00 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE RAXIS-V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年4月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→50 Å / Num. obs: 34147 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 4.45 % / Biso Wilson estimate: 10.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 29.35 |
反射 シェル | 解像度: 1.3→1.35 Å / Rmerge(I) obs: 0.083 / Mean I/σ(I) obs: 17 / % possible all: 95 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1USM 解像度: 1.3→19.25 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 2597898.79 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.8819 Å2 / ksol: 0.37497 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→19.25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.3→1.38 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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