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万見
- PDB-1urf: HR1b domain from PRK1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1urf
タイトルHR1b domain from PRK1
要素PROTEIN KINASE C-LIKE 1
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / G-PROTEIN (Gタンパク質) / HR1 DOMAIN / KINASE (キナーゼ) / HELICAL / COILED COIL (コイルドコイル) / ATP-BINDING / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / PHOSPHORYLATION (リン酸化)
機能・相同性
機能・相同性情報


epithelial cell migration / protein kinase C / diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / renal system process / regulation of germinal center formation / B cell apoptotic process / histone H3T11 kinase activity / hyperosmotic response / regulation of cell motility / regulation of androgen receptor signaling pathway ...epithelial cell migration / protein kinase C / diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / renal system process / regulation of germinal center formation / B cell apoptotic process / histone H3T11 kinase activity / hyperosmotic response / regulation of cell motility / regulation of androgen receptor signaling pathway / regulation of immunoglobulin production / nuclear androgen receptor binding / RHOB GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / negative regulation of B cell proliferation / 分裂溝 / B cell homeostasis / RHOA GTPase cycle / RHO GTPases activate PKNs / spleen development / RAC1 GTPase cycle / post-translational protein modification / protein kinase C binding / nuclear receptor coactivator activity / negative regulation of protein phosphorylation / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / small GTPase binding / histone deacetylase binding / midbody / histone binding / エンドソーム / protein kinase activity / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / シグナル伝達 / protein-containing complex / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase N1, second HR1 domain / HR1 repeat / Serine/threonine-protein kinase N, first HR1 domain / Serine/threonine-protein kinase N, C2 domain / Hr1 repeat / Rho effector or protein kinase C-related kinase homology region 1 homologues / HR1 repeat superfamily / HR1 rho-binding domain / REM-1 domain profile. / Protein kinase, C-terminal ...Serine/threonine-protein kinase N1, second HR1 domain / HR1 repeat / Serine/threonine-protein kinase N, first HR1 domain / Serine/threonine-protein kinase N, C2 domain / Hr1 repeat / Rho effector or protein kinase C-related kinase homology region 1 homologues / HR1 repeat superfamily / HR1 rho-binding domain / REM-1 domain profile. / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / C2ドメイン / C2 domain profile. / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / C2 domain superfamily / Helix Hairpins / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase N1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Owen, D. / Lowe, P.N. / Nietlispach, D. / Brosnan, C.E. / Chirgadze, D.Y. / Parker, P.J. / Blundell, T.L. / Mott, H.R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Molecular Dissection of the Interaction between the Small G Proteins Rac1 and Rhoa and Protein Kinase C-Related Kinase 1 (Prk1)
著者: Owen, D. / Lowe, P.N. / Nietlispach, D. / Brosnan, C.E. / Chirgadze, D.Y. / Parker, P.J. / Blundell, T.L. / Mott, H.R.
履歴
登録2003年10月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN KINASE C-LIKE 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,0171
ポリマ－9,0171
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)24 / 100LOWEST ENERGY
代表モデルモデル #17

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN KINASE C-LIKE 1 / PLK1_HUMAN / PROTEIN-KINASE C-RELATED KINASE 1 / PROTEIN KINASE C-LIKE PKN / SERINE-THREONINE PROTEIN KINASE N


分子量: 9017.416 Da / 分子数: 1 / 断片: HR1B, RESIDUES 122-199 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PGEX-3X / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q16512, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）
構成要素の詳細FUNCTION: PHOSPHORYLATES RIBOSOMAL PROTEIN S6. MEDIATES GTPASE RHO DEPENDENT INTRACELLULAR ...FUNCTION: PHOSPHORYLATES RIBOSOMAL PROTEIN S6. MEDIATES GTPASE RHO DEPENDENT INTRACELLULAR SIGNALLING ENZYME REGULATION:

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11115N-HSQC
12113C-HSQC
13115N-NOESY
14115N-TOCSY
151HN(CA)CB
161(H)CCH-TOCSY
17113C-NOESY
181HNCA
191HN(CO)CA
1101CBCA(CO)NH
1111H(CC)(CO)NH

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試料調製

試料状態イオン強度: 60 mM / pH: 7.4 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1BRUNGER精密化
Azara構造決定
ANSIG構造決定
CNS構造決定
ARIA構造決定
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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