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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ugw | ||||||
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タイトル | Crystal structure of jacalin- Gal complex | ||||||
要素 |
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キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / All beta sheet protein / Beta prism I fold / Galactose specific | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Artocarpus integer (植物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Jeyaprakash, A.A. / Katiyar, S. / Swaminathan, C.P. / Sekar, K. / Surolia, A. / Vijayan, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.MOL.BIOL. / 年: 2003 タイトル: Structural Basis of the Carbohydrate Specificities of Jacalin: An X-ray and Modeling Study 著者: Jeyaprakash, A.A. / Katiyar, S. / Swaminathan, C.P. / Sekar, K. / Surolia, A. / Vijayan, M. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002 タイトル: Crystal structure of the jacalin-T-antigen complex and a comparative study of lectin-T-antigen complexes 著者: Jeyaprakash, A.A. / Rani, P.G. / Reddy, G.B. / Banumathi, S. / Betzel, C. / Sekar, K. / Surolia, A. / Vijayan, M. #2: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996 タイトル: A Novel mode of carbohydrate recognition in jacalin, A moraceae plant lectin with a beta-prism fold 著者: Sankaranarayanan, R. / Sekar, K. / Banerjee, R. / Sharma, V. / Surolia, A. / Vijayan, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ugw.cif.gz | 136.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ugw.ent.gz | 106.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ugw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/1ugw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/1ugw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14643.431 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Artocarpus integer (植物) / 器官: seeds種子 / 参照: UniProt: P18670 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2047.204 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Artocarpus integer (植物) / 器官: seeds種子 / 参照: UniProt: P18673 #3: タンパク質 | 分子量: 14673.479 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Artocarpus integer (植物) / 器官: seeds種子 / 参照: UniProt: P18670 #4: 糖 | ChemComp-GAL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.86 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: PEG 4000, ammonium sulfate, sodium acetate trihydrate, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→20 Å / Num. all: 91056 / Num. obs: 91056 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 17.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / Rmerge(I) obs: 0.447 / Num. unique all: 8911 / % possible all: 95.8 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 350856 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 95.8 % / Num. unique obs: 8911 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1M26 解像度: 1.7→19.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 2109195.61 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.9882 Å2 / ksol: 0.324271 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.72 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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