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- PDB-1ufi: Crystal structure of the dimerization domain of human CENP-B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ufi
タイトルCrystal structure of the dimerization domain of human CENP-B
要素Major centromere autoantigen B
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / dimerization domain / salt bridge (塩橋) / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics (構造ゲノミクス)
機能・相同性
機能・相同性情報


satellite DNA binding / centromeric DNA binding / condensed chromosome, centromeric region / chromosome, centromeric region / pericentric heterochromatin / 染色体 / sequence-specific DNA binding / nuclear body / chromatin binding / DNA binding ...satellite DNA binding / centromeric DNA binding / condensed chromosome, centromeric region / chromosome, centromeric region / pericentric heterochromatin / 染色体 / sequence-specific DNA binding / nuclear body / chromatin binding / DNA binding / 核質 / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Dimerisation domain of CENP-B / Centromere protein CENP-B, C-terminal domain / CENP-B, dimerisation domain superfamily / Centromere protein B dimerisation domain / CENP-B N-terminal DNA-binding domain / DNA binding HTH domain, Psq-type / Psq-type HTH domain profile. / DDE superfamily endonuclease domain / HTH CenpB-type DNA-binding domain / DDE superfamily endonuclease ...Dimerisation domain of CENP-B / Centromere protein CENP-B, C-terminal domain / CENP-B, dimerisation domain superfamily / Centromere protein B dimerisation domain / CENP-B N-terminal DNA-binding domain / DNA binding HTH domain, Psq-type / Psq-type HTH domain profile. / DDE superfamily endonuclease domain / HTH CenpB-type DNA-binding domain / DDE superfamily endonuclease / Tc5 transposase DNA-binding domain / CENPB-type HTH domain profile. / Putative DNA-binding domain in centromere protein B, mouse jerky and transposases. / Homeobox-like domain superfamily / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Major centromere autoantigen B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Tawaramoto, M.S. / Kurumizaka, H. / Tanaka, Y. / Park, S.-Y. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of the human centromere protein B (CENP-B) dimerization domain at 1.65-A resolution
著者: Tawaramoto, M.S. / Park, S.-Y. / Tanaka, Y. / Nureki, O. / Kurumizaka, H. / Yokoyama, S.
履歴
登録2003年5月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major centromere autoantigen B
B: Major centromere autoantigen B
C: Major centromere autoantigen B
D: Major centromere autoantigen B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9974
ポリマ－28,9974
非ポリマー00
水2,648147
1
A: Major centromere autoantigen B
B: Major centromere autoantigen B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4992
ポリマ－14,4992
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2750 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area5620 Å2
手法PISA
2
C: Major centromere autoantigen B
D: Major centromere autoantigen B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4992
ポリマ－14,4992
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2630 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area6060 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6940 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area10120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.707, 48.955, 100.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Major centromere autoantigen B / CENP-B


分子量: 7249.285 Da / 分子数: 4 / 断片: dimerization domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPB / プラスミド: pET-15B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P07199
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.7
詳細: sodium citrate, CHES, pH 9.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
pH: 9.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
112 mg/mlprotein1drop
250 mMCHES1reservoirpH9.5
30.5 Msodium citrate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 0.9781, 0.9824, 0.9803, 0.9808
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年12月2日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97811
20.98241
30.98031
40.98081
反射解像度: 1.65→20 Å / Num. all: 26716 / Num. obs: 23688 / % possible obs: 88.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / % possible all: 78.8
反射
*PLUS
冗長度: 3.1 % / Num. measured all: 73479 / Rmerge(I) obs: 0.039
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 78.8 % / Rmerge(I) obs: 0.239

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.19精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.65→19.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 3.544 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30852 1188 5 %RANDOM
Rwork0.2322 ---
obs0.23596 22360 100 %-
all-22360 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.339 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.41 Å20 Å20 Å2
2--1.18 Å20 Å2
3----0.77 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.19 Å0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→19.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1547 0 0 147 1694
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0330.0211593
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7471.9212155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1895184
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1370.2236
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021205
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2290.2803
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2150.2122
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2730.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4480.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2131.5944
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.13921539
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5043649
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.2754.5616
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
1.651-1.6940.391630.331384
1.694-1.710.4126840.37011908
1.71-1.780.33641020.30922297
1.78-1.860.3011350.272325
1.86-1.960.3423980.33471957
1.96-2.080.25441080.24252413
2.08-2.240.21811050.23452190
2.24-2.460.21461310.24142267
2.46-2.820.21051260.21712492
2.82-3.550.21061260.22372510
3.55-200.2181280.235213842169
ソフトウェア
*PLUS
バージョン: 5.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.309 / Rfactor Rwork: 0.232
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.033
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.747

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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