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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ues | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Porphyromonas gingivalis SOD | ||||||
要素 | superoxide dismutaseスーパーオキシドディスムターゼ | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / metal-specific / cambialistic / superoxide dismutase (スーパーオキシドディスムターゼ) / SOD | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Porphyromonas gingivalis (ポルフィロモナス・ジンジバリス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Yamakura, F. / Sugio, S. / Hiraoka, B.Y. / Yokota, T. / Ohmori, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003 タイトル: Pronounced conversion of the metal-specific activity of superoxide dismutase from Porphyromonas gingivalis by the mutation of a single amino acid (Gly155Thr) located apart from the active site 著者: Yamakura, F. / Sugio, S. / Hiraoka, B.Y. / Ohmori, D. / Yokota, T. #1: ジャーナル: EUR.J.BIOCHEM. / 年: 2000 タイトル: Crystal structure of cambialistic superoxide dismutase from Porphyromonas gingivalis 著者: Sugio, S. / Hiraoka, B.Y. / Yamakura, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ues.cif.gz | 165.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ues.ent.gz | 131.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ues.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ue/1ues ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ue/1ues | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21572.186 Da / 分子数: 4 / 変異: G155T / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (ポルフィロモナス・ジンジバリス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P19665, スーパーオキシドディスムターゼ #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.92 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: PEG4000, potassium phosphate , pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL24XU / 波長: 0.836 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年9月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.836 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→20 Å / Num. all: 568538 / Num. obs: 84510 / % possible obs: 76 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.055 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→20 Å
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