+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1uei | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of human uridine-cytidine kinase 2 complexed with a feedback-inhibitor, UTP | ||||||
要素 | Uridine-cytidine kinase 2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / ALPHA/BETA MONONUCLEOTIDE-BINDING HOLD | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 uridine/cytidine kinase / CTP salvage / uridine kinase activity / Pyrimidine salvage / cytidine kinase activity / UMP salvage / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Suzuki, N.N. / Koizumi, K. / Fukushima, M. / Matsuda, A. / Inagaki, F. | ||||||
引用 | ジャーナル: STRUCTURE / 年: 2004 タイトル: Structural basis for the specificity, catalysis, and regulation of human uridine-cytidine kinase 著者: Suzuki, N.N. / Koizumi, K. / Fukushima, M. / Matsuda, A. / Inagaki, F. #1: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2003 タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of human uridine-cytidine kinase 2 著者: Suzuki, N.N. / Koizumi, K. / Fukushima, M. / Matsuda, A. / Inagaki, F. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1uei.cif.gz | 96.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1uei.ent.gz | 73 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1uei.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1uei_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1uei_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1uei_validation.xml.gz | 19 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1uei_validation.cif.gz | 25.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ue/1uei ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ue/1uei | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
4 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28262.994 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-250 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX-6P / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9BZX2, uridine/cytidine kinase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.62 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: sodium tartrate, HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: OXFORD / 検出器: CCD / 日付: 2002年5月27日 |
放射 | モノクロメーター: rotated-inclined monochromator and vertical focusing mirror プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→39.1 Å / Num. all: 19587 / Num. obs: 19587 / % possible obs: 84.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Biso Wilson estimate: 34.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 8.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.279 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 86.8 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1UDW 解像度: 2.6→39.06 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 350363.52 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.8496 Å2 / ksol: 0.376614 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.4 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→39.06 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
|