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万見
- PDB-1u9t: Crystal Structure Analysis of ChuS, an E. coli Heme Oxygenase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u9t
タイトルCrystal Structure Analysis of ChuS, an E. coli Heme Oxygenase
要素putative heme/hemoglobin transport protein
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / The Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative / Structural Repeat / Central Beta Sheet / flanked by Alpha helices / BSGI
機能・相同性Haemin-degrading HemS/ChuX domain / Haemin-degrading HemS.ChuX domain / HemS/ChuS/ChuX like domains / Heme iron utilization protein-like fold / iron ion transport / 3-Layer(aba) Sandwich / metal ion binding / Alpha Beta / Hemin transporter
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Suits, M.D. / Jia, Z. / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative (BSGI)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2005
タイトル: Identification of an Escherichia coli O157:H7 heme oxygenase with tandem functional repeats
著者: Suits, M.D. / Pal, G.P. / Nakatsu, K. / Matte, A. / Cygler, M. / Jia, Z.
履歴
登録2004年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: putative heme/hemoglobin transport protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0521
ポリマ－40,0521
非ポリマー00
水6,053336
1
A: putative heme/hemoglobin transport protein

A: putative heme/hemoglobin transport protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,1042
ポリマ－80,1042
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y+1/2,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)41.684, 57.880, 59.578
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.02, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 putative heme/hemoglobin transport protein


分子量: 40052.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: O157:H7 EDL933 / 遺伝子: ChuS / プラスミド: pET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8X5N8
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 336 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.62 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 3500, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 17-BM10.979499
シンクロトロンAPS 17-BM20.98043455, 0.98043455, 0.9642276
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2101CCD2003年3月30日
SBC-32CCD2003年11月17日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SiliconSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SiliconMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9794991
20.980434551
30.96422761
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 14606 / Num. obs: 14606 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 12.4 Å2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.16→41.46 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 518891.38 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: waters picked at level greater than 2.5
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.283 846 6 %RANDOM
Rwork0.207 ---
obs0.207 14185 92.5 %-
all-12462 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 120.559 Å2 / ksol: 0.383391 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 36.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.84 Å20 Å2-4.2 Å2
2---3.53 Å20 Å2
3----7.32 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.47 Å0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.16→41.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2574 0 0 336 2910
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.72
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it4.41.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it5.932
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it6.62
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it8.32.5
LS精密化 シェル解像度: 2.16→2.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.036 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.375 106 6.2 %
Rwork0.308 1613 -
obs--67.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4hdm_xplor_par.txthdm_xplor_top.txt

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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