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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1u7u | ||||||
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タイトル | Phosphopantothenoylcysteine synthetase from E. coli | ||||||
要素 | Coenzyme A biosynthesis bifunctional protein coaBC | ||||||
キーワード | LIGASE (リガーゼ) / Coenzyme A biosynthesis | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphopantothenoylcysteine decarboxylase complex / pantothenate catabolic process / ホスホパントテノイルシステインデカルボキシラーゼ / phosphopantothenoylcysteine decarboxylase activity / phosphopantothenate-cysteine ligase (CTP) / phosphopantothenate--cysteine ligase activity / coenzyme A biosynthetic process / FMN binding / identical protein binding / metal ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Stanitzek, S. / Augustin, M.A. / Huber, R. / Kupke, T. / Steinbacher, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: STRUCTURE / 年: 2004 タイトル: Structural Basis of CTP-Dependent Peptide Bond Formation in Coenzyme A Biosynthesis Catalyzed by Escherichia coli PPC Synthetase 著者: Stanitzek, S. / Augustin, M.A. / Huber, R. / Kupke, T. / Steinbacher, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1u7u.cif.gz | 48.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1u7u.ent.gz | 37.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1u7u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/1u7u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u7/1u7u | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24833.348 Da / 分子数: 1 断片: Phosphopantothenoylcysteine synthetase(residues 181-406) 変異: N210D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P0ABQ0, phosphopantothenate-cysteine ligase (CTP) |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.9 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG 3350, pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 0.95 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年8月8日 |
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→20 Å / Num. all: 8804 / Num. obs: 8804 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.054 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
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拘束条件 |
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