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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1u4d | ||||||
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タイトル | Structure of the ACK1 Kinase Domain bound to Debromohymenialdisine | ||||||
要素 | Activated CDC42 kinase 1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Tyrosine Kinase (プロテインチロシンキナーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of clathrin-dependent endocytosis / cytoophidium / Grb2-EGFR complex / GTPase inhibitor activity / WW domain binding / クラスリン / small GTPase-mediated signal transduction / epidermal growth factor receptor binding / クラスリン / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity ...regulation of clathrin-dependent endocytosis / cytoophidium / Grb2-EGFR complex / GTPase inhibitor activity / WW domain binding / クラスリン / small GTPase-mediated signal transduction / epidermal growth factor receptor binding / クラスリン / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / 接着結合 / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / cytoplasmic vesicle membrane / エンドサイトーシス / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / protein tyrosine kinase activity / cell surface receptor signaling pathway / non-specific serine/threonine protein kinase / エンドソーム / リン酸化 / protein serine kinase activity / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine/threonine kinase activity / ubiquitin protein ligase binding / perinuclear region of cytoplasm / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Lougheed, J.C. / Chen, R.H. / Mak, P. / Stout, T.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004 タイトル: Crystal Structures of the Phosphorylated and Unphosphorylated Kinase Domains of the Cdc42-associated Tyrosine Kinase ACK1. 著者: Lougheed, J.C. / Chen, R.H. / Mak, P. / Stout, T.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1u4d.cif.gz | 119.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1u4d.ent.gz | 92.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1u4d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/1u4d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/1u4d | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33058.047 Da / 分子数: 2 / 断片: Kinase Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACK1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): Sf-9 / 参照: UniProt: Q07912, EC: 2.7.1.112 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.8 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / pH: 7.5 詳細: PEG 2000, sodium chloride, magnesium chloride, TRIS, TCEP, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K, pH 7.50 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→46.6 Å / Num. obs: 32292 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 14.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.373 / % possible all: 98.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB CODE 1U46 解像度: 2.1→46.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 5.571 / SU ML: 0.147 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.249 / ESU R Free: 0.2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.67 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→46.6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20 /
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