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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1tyk | |||||||||
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タイトル | SOLUTION STRUCTURE OF A TOXIN FROM THE TARANTULA, GRAMMOSTOLA SPATULATA, WHICH INHIBITS MECHANOSENSITIVE ION CHANNELS | |||||||||
要素 | Toxin GsMTx-4 | |||||||||
キーワード | TOXIN (毒素) / INHIBITOR (酵素阻害剤) / CYSTEINE KNOT (シスチンノット) / BETA-SHEET (Βシート) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ion channel inhibitor activity / sodium channel regulator activity / potassium channel regulator activity / toxin activity / defense response to bacterium / lipid binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Grammostola rosea (クモ) | |||||||||
手法 | 溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING, RAMACHANDRAN REFINEMENT | |||||||||
データ登録者 | Oswald, R.E. / Suchyna, T.M. / Mcfeeters, R. / Gottlieb, P. / Sachs, F. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002 タイトル: Solution Structure of Peptide Toxins that Block Mechanosensitive Ion Channels 著者: Oswald, R.E. / Suchyna, T.M. / Mcfeeters, R. / Gottlieb, P. / Sachs, F. #1: ジャーナル: J.Gen.Physiol. / 年: 2000 タイトル: Identification of a Peptide Toxin from Grammostola Spatulata Spider Venom that Blocks Cation-Selective Stretch-Activated Channels 著者: Suchyna, T.M. / Johnson, J.H. / Hamer, K. / Leykam, J.F. / Gage, D.A. / Clemo, H.F. / Baumgarten, C.M. / Sachs, F. #2: ジャーナル: Toxicon / 年: 2003 タイトル: cDNA sequence and in vitro folding of GsMTX4, a specific peptide inhibitor of mechanosensitive channels 著者: Ostrow, K.L. / Mammoser, A. / Suchyna, T. / Sachs, F. / Oswald, R. / Kubo, S. / Chino, N. / Gottlieb, P.A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1tyk.cif.gz | 217.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1tyk.ent.gz | 187.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1tyk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ty/1tyk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ty/1tyk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4109.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: VENOM / 由来: (天然) Grammostola rosea (クモ) / 参照: UniProt: Q7YT39 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: H-D EXCHANGE USING 2D TOCSY FOLLOWING RESUSPENSION OF LYOPHILIZED PROTEIN IN 100% D2O |
-試料調製
詳細 | 内容: 2 MM NATURAL ABUNDANCE GSMTX4 / 溶媒系: H2O |
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試料状態 | イオン強度: 1 mM NACL / pH: 4.5 / 圧: AMBIENT / 温度: 278 K |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M | |||||||||||||||
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放射波長 | 相対比: 1 | |||||||||||||||
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING, RAMACHANDRAN REFINEMENT ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: STRUCTURES WITH THE LEAST RESTRAINT VIOLATIONS, STRUCTURES WITH THE LOWEST ENERGY 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |