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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1tvx | ||||||
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タイトル | NEUTROPHIL ACTIVATING PEPTIDE-2 VARIANT FORM M6L WITH FIVE ADDITIONAL AMINO TERMINAL RESIDUES (DSDLY) | ||||||
要素 | NEUTROPHIL ACTIVATING PEPTIDE 2 VARIANT | ||||||
キーワード | CYTOKINE (サイトカイン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glucose transmembrane transporter activity / glucose transmembrane transport / CXCR chemokine receptor binding / chemokine-mediated signaling pathway / Chemokine receptors bind chemokines / chemokine activity / positive regulation of cell division / 好中球 / platelet alpha granule lumen / growth factor activity ...glucose transmembrane transporter activity / glucose transmembrane transport / CXCR chemokine receptor binding / chemokine-mediated signaling pathway / Chemokine receptors bind chemokines / chemokine activity / positive regulation of cell division / 好中球 / platelet alpha granule lumen / growth factor activity / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / Platelet degranulation / tertiary granule lumen / G alpha (i) signalling events / cellular response to lipopolysaccharide / defense response to bacterium / 炎症 / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Malkowski, M.G. / Edwards, B.F.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997 タイトル: The amino-terminal residues in the crystal structure of connective tissue activating peptide-III (des10) block the ELR chemotactic sequence. 著者: Malkowski, M.G. / Lazar, J.B. / Johnson, P.H. / Edwards, B.F. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1995 タイトル: The Crystal Structure of Recombinant Human Neutrophil-Activating Peptide-2 (M6L) at 1.9-A Resolution 著者: Malkowski, M.G. / Wu, J.Y. / Lazar, J.B. / Johnson, P.H. / Edwards, B.F. #2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1991 タイトル: Crystal Structure of Interleukin 8: Symbiosis of NMR and Crystallography 著者: Baldwin, E.T. / Weber, I.T. / Charles, R.St. / Xuan, J.C. / Appella, E. / Yamada, M. / Matsushima, K. / Edwards, B.F. / Clore, G.M. / Gronenborn, A.M. / al., et #3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1989 タイトル: The Three-Dimensional Structure of Bovine Platelet Factor 4 at 3.0-A Resolution 著者: Charles, R.St. / Walz, D.A. / Edwards, B.F. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THERE IS A TETRAMER IN THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF FOUR IDENTICAL ...SHEET THERE IS A TETRAMER IN THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF FOUR IDENTICAL MONOMERS. TWO MONOMERS COMBINE TO FORM AN EXTENDED SIX STRANDED BETA SHEET DIMER. TWO DIMERS ARE THEN ARRANGED BACK-TO-BACK TO FORM THE TETRAMER. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1tvx.cif.gz | 61.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1tvx.ent.gz | 48.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1tvx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/1tvx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/1tvx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1napS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8217.521 Da / 分子数: 4 変異: M26L AND A FIVE RESIDUE (DSDLY) INSERT AT THE AMINO TERMINUS 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02775 #2: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE NUMBERING SCHEME FOR ASP-CTAP FOLLOWS HOMOLOGY ALIGNMENT WITH THE FIRST PAIR OF CYSTEINE ...THE NUMBERING SCHEME FOR ASP-CTAP FOLLOWS HOMOLOGY ALIGNMENT WITH THE FIRST PAIR OF CYSTEINE RESIDUES IN BOVINE PLATELET FACTOR FOUR. THE NUMBERING SCHEME IS SEQUENTIAL | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.65 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: 1.6M CITRATE, 0.1M HEPES, PH 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 22 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 273 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.72→9.6 Å / Num. obs: 25385 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(I): 1 / Rsym value: 0.0388 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 50642 / Rmerge(I) obs: 0.039 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: NEUTROPHIL ACTIVATING PEPTIDE-2 (1NAP) 解像度: 1.75→7 Å /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→7 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 21058 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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