PDB-1ts0: Structure of the pB1 intermediate from time-resolved Laue crystal...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ts0

タイトル

Structure of the pB1 intermediate from time-resolved Laue crystallography

要素

Photoactive yellow protein

キーワード

photoreceptor

機能・相同性

機能・相同性情報

photoreceptor activity /

phototransduction / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Halorhodospira halophila (紅色硫黄細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / Difference Fourier / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Ihee, H. / Rajagopal, S. / Srajer, V. / Pahl, R. / Anderson, S. / Schmidt, M. / Schotte, F. / Anfinrud, P.A. / Wulff, M. / Moffat, K.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2005
タイトル: Visualizing reaction pathways in photoactive yellow protein from nanoseconds to seconds.
著者: Ihee, H. / Rajagopal, S. / Srajer, V. / Pahl, R. / Anderson, S. / Schmidt, M. / Schotte, F. / Anfinrud, P.A. / Wulff, M. / Moffat, K.

履歴

登録	2004年6月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2015年9月9日	Group: Other
改定 1.4	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: refine / software Item: _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_obs / _software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ts0.cif.gz	54.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ts0.ent.gz	43.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ts0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/1ts0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/1ts0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ts6C 1ts7C 1ts8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ts6-d 4bbt-d 5hdc-d 3ve3-d 4wl9-d 1ot6-d 4i3j-d 4i3i-d 1t1a-d 3ve4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#207 - 2017年3月光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein) 類似性 (6) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (2) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (2) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (2) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (2) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#207 - 2017年3月
光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein)
類似性 (6)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (2)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (2)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (2)
#183 - 2015年3月
フォトトロピン (Phototropin)
類似性 (2)
#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Photoactive yellow protein

ヘテロ分子

14.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.833, 66.833, 40.947
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

モデル数

2

#1: タンパク質	Photoactive yellow protein / / PYP 分子量: 13888.575 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Halorhodospira halophila (紅色硫黄細菌) 遺伝子: PYP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P16113
#2: 化合物	ChemComp-HC4 / 4'-HYDROXYCINNAMIC ACID / PARA-COUMARIC ACID / 4-ヒドロキシけい皮酸 / P-クマル酸分子量: 164.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₈O₃

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.29 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.6 M ammonium sulfate, 50 mM sodium phosphate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 288 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B
放射	プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): L / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 1.6→30 Å / Num. all: 13891 / Num. obs: 13891 / % possible obs: 100 %

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
LaueView	データ削減
SHELXL-97	精密化
LaueView	データスケーリング

精密化

構造決定の手法: Difference Fourier / 解像度: 1.6→30 Å / σ(F): 0

	R_factor	反射数
R_free	0.1155	-
R_work	0.1087	-
all	0.1166	13891
obs	0.1166	13891

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	976	0	11	0	987

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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