+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1tr2 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of human full-length vinculin (residues 1-1066) | ||||||
要素 | VINCULIN ISOFORM 1 | ||||||
キーワード | CELL ADHESION (細胞接着) / ACTIN-BINDING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of protein localization to adherens junction / podosome ring / outer dense plaque of desmosome / inner dense plaque of desmosome / cell-substrate junction / terminal web / epithelial cell-cell adhesion / 接着結合 / dystroglycan binding / alpha-catenin binding ...regulation of protein localization to adherens junction / podosome ring / outer dense plaque of desmosome / inner dense plaque of desmosome / cell-substrate junction / terminal web / epithelial cell-cell adhesion / 接着結合 / dystroglycan binding / alpha-catenin binding / fascia adherens / cell-cell contact zone / costamere / apical junction assembly / regulation of establishment of endothelial barrier / adherens junction assembly / axon extension / protein localization to cell surface / lamellipodium assembly / regulation of focal adhesion assembly / maintenance of blood-brain barrier / 刷子縁 / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / Smooth Muscle Contraction / cell-matrix adhesion / negative regulation of cell migration / cell projection / morphogenesis of an epithelium / 接着結合 / 筋鞘 / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / 血小板 / beta-catenin binding / specific granule lumen / Signaling by RAF1 mutants / extracellular vesicle / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / cell-cell junction / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / Platelet degranulation / actin binding / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / molecular adaptor activity / 細胞骨格 / 細胞接着 / cadherin binding / 脂質ラフト / focal adhesion / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / structural molecule activity / protein-containing complex / extracellular exosome / extracellular region / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Borgon, R.A. / Vonrhein, C. / Bricogne, G. / Bois, P.R. / Izard, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2004 タイトル: Crystal Structure of Human Vinculin 著者: Borgon, R.A. / Vonrhein, C. / Bricogne, G. / Bois, P.R. / Izard, T. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1tr2.cif.gz | 403.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1tr2.ent.gz | 340.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1tr2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/1tr2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tr/1tr2 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 118563.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VCL / プラスミド: PET3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) and BL21(DE3) / 参照: UniProt: P18206 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 11 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.97 % |
---|
-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97927 |
---|---|
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97927 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→56.86 Å / Num. obs: 48752 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 23.7 % / Biso Wilson estimate: 103.211 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.154 / Net I/σ(I): 21 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→2.98 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.451 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9→56.86 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: SOME OF THE WATER MOLECULES ARE PLACED IN DISORDERED DENSITY.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 92.83 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.4897 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→56.86 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.9→3.07 Å / Total num. of bins used: 9
|