[日本語] English
万見
- PDB-1t6g: Crystal structure of the Triticum aestivum xylanase inhibitor-I i... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t6g
タイトルCrystal structure of the Triticum aestivum xylanase inhibitor-I in complex with aspergillus niger xylanase-I
要素
  • Endo-1,4-beta-xylanase I
  • xylanase inhibitor
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / protein-protein complex / two beta-barrel domain structure / beta-jelly roll structure
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Xylanase inhibitor, C-terminal / Xylanase inhibitor I-like / Xylanase inhibitor C-terminal / Xylanase inhibitor, N-terminal / Xylanase inhibitor N-terminal / Glycoside hydrolase family 11, active site 2 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 2. / Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. ...Xylanase inhibitor, C-terminal / Xylanase inhibitor I-like / Xylanase inhibitor C-terminal / Xylanase inhibitor, N-terminal / Xylanase inhibitor N-terminal / Glycoside hydrolase family 11, active site 2 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 2. / Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. / Glycoside hydrolase family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain / Glycosyl hydrolases family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain profile. / Glycoside hydrolase family 11/12 / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Beta Barrel / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Endo-1,4-beta-xylanase A / Xylanase inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Triticum aestivum (コムギ)
Aspergillus niger (黒麹菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Sansen, S. / De Ranter, C.J. / Gebruers, K. / Brijs, K. / Courtin, C.M. / Delcour, J.A. / Rabijns, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structural basis for inhibition of Aspergillus niger xylanase by triticum aestivum xylanase inhibitor-I
著者: Sansen, S. / De Ranter, C.J. / Gebruers, K. / Brijs, K. / Courtin, C.M. / Delcour, J.A. / Rabijns, A.
履歴
登録2004年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: xylanase inhibitor
B: xylanase inhibitor
C: Endo-1,4-beta-xylanase I
D: Endo-1,4-beta-xylanase I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,8818
ポリマ－117,5134
非ポリマー3684
水19,3481074
1
A: xylanase inhibitor
C: Endo-1,4-beta-xylanase I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,9414
ポリマ－58,7572
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2370 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area21260 Å2
手法PISA
2
B: xylanase inhibitor
D: Endo-1,4-beta-xylanase I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,9414
ポリマ－58,7572
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2320 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area21330 Å2
手法PISA
3
A: xylanase inhibitor
C: Endo-1,4-beta-xylanase I
ヘテロ分子

B: xylanase inhibitor
D: Endo-1,4-beta-xylanase I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,8818
ポリマ－117,5134
非ポリマー3684
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_544-y,x-y-1,z-1/31
Buried area6750 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area40530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.434, 88.434, 128.995
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

-
要素

#1: タンパク質 xylanase inhibitor


分子量: 38862.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: purified from wheat flour / 由来: (天然) Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q8H0K8, endo-1,4-beta-xylanase
#2: タンパク質 Endo-1,4-beta-xylanase I / Xylanase I / 1 / 4-beta-D-xylan xylanohydrolase I


分子量: 19893.988 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Aspergillus niger (黒麹菌) / 参照: UniProt: P55329, endo-1,4-beta-xylanase
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1074 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.93 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.25 M magnesium acetate 0.1 M sodium cacodylate buffer, 17% PEG8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月4日
放射モノクロメーター: Sagitally focusing Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→29.74 Å / Num. all: 104587 / Num. obs: 93187 / % possible obs: 89.1 % / Observed criterion σ(F): 1.41 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.19精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1T6E, 1UKR

1t6e

1ukr


解像度: 1.8→29.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 2.02 / SU ML: 0.065 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19171 10511 10.1 %RANDOM
Rwork0.15828 ---
all0.16068 94039 --
obs0.16161 94039 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.576 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å20.05 Å20 Å2
2--0.11 Å20 Å2
3----0.16 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.21 Å0.17 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.07 Å0.01 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8044 0 24 1074 9142
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0218286
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.027254
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3641.95411340
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.78316888
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8951092
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.21270
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.029446
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021664
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.21450
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2530.28385
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.24786
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.140.2811
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3460.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2270.292
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3390.257
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6391.55450
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.17728734
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.82732836
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8914.52606
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.212 772
Rwork0.156 6936
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.093-0.03310.00620.2352-0.02440.1253-0.00920.00290.01790.01460.00890.0111-0.02640.00260.00030.01560.0045-0.00480.00320.00070.010643.105611.38970.3859
20.09320.0333-0.00150.2368-0.02390.1303-0.0076-0.0044-0.0174-0.01510.00930.01180.02660.0016-0.00170.0146-0.00420.00410.00380.00050.010443.1062-62.446515.6373
30.20510.04640.0680.14010.06860.1573-0.0117-0.01190.0095-0.002-0.01320.01890.0014-0.01970.02490.0061-0.0018-0.00580.0167-0.00290.008429.6998-15.6066-14.0369
40.2026-0.0522-0.05620.1370.07530.1473-0.00910.0123-0.01040.0008-0.01410.0174-0.0028-0.01850.02320.0060.00120.00670.0175-0.00280.008629.7025-35.439530.056
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 3811 - 381
2X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 3811 - 381
3X-RAY DIFFRACTION3CC2 - 1832 - 183
4X-RAY DIFFRACTION4DD2 - 1832 - 183

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る