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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1svz | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the single-chain Fv fragment 1696 in complex with the epitope peptide corresponding to N-terminus of HIV-2 protease | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / antibody-antigen complex / HIV inhibiting antibody | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å | ||||||
データ登録者 | Rezacova, P. / Brynda, J. / Lescar, J. / Bentley, G.A. / Fabry, M. / Horejsi, M. / Sedlacek, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2005 タイトル: Crystal structure of a cross-reaction complex between an anti-HIV-1 protease antibody and an HIV-2 protease peptide 著者: Rezacova, P. / Brynda, J. / Lescar, J. / Fabry, M. / Horejsi, M. / Sieglova, I. / Sedlacek, J. / Bentley, G.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1svz.cif.gz | 114.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1svz.ent.gz | 88.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1svz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sv/1svz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sv/1svz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1jp5S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 26876.650 Da / 分子数: 2 / 断片: scFv1696 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) 解説: T7 promoter-driven plasmid, inclusion bodies production followed by protein in vitro refolding 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P01631 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1063.251 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: octapeptide PQFSLWKR #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.1 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: protein concentration 14mg/ml, 0.05M tri-sodium citrate, 0.1M sodium phosphate, 27% PEG 3400, 0.2M ammonium sulfate, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月14日 |
放射 | モノクロメーター: sagitally focused Ge / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.88→30 Å / Num. all: 35996 / Num. obs: 34737 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 19.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 16.88 |
反射 シェル | 解像度: 1.88→1.99 Å / Rmerge(I) obs: 0.595 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 77.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1JP5 解像度: 1.89→19.79 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1358407.78 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 71.3367 Å2 / ksol: 0.351579 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.89→19.79 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.89→2 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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