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万見
- PDB-1sna: An Oligomeric Domain-Swapped Beta-Beta-Alpha Mini-Protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sna
タイトルAn Oligomeric Domain-Swapped Beta-Beta-Alpha Mini-Protein
要素tetrameric beta-beta-alpha mini-protein
キーワードDE NOVO PROTEIN (De novo) / protein design (タンパク質設計) / domain swapping / mini-protein / oligomerization (オリゴマー)
機能・相同性2-プロパノール
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Ali, M.H. / Peisach, E. / Allen, K.N. / Imperiali, B.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2004
タイトル: X-ray structure analysis of a designed oligomeric miniprotein reveals a discrete quaternary architecture.
著者: Ali, M.H. / Peisach, E. / Allen, K.N. / Imperiali, B.
履歴
登録2004年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 3.02024年5月8日Group: Atomic model / カテゴリ: atom_site / Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tetrameric beta-beta-alpha mini-protein
B: tetrameric beta-beta-alpha mini-protein
C: tetrameric beta-beta-alpha mini-protein
D: tetrameric beta-beta-alpha mini-protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7285
ポリマ－10,6684
非ポリマー601
水2,414134
1
A: tetrameric beta-beta-alpha mini-protein
B: tetrameric beta-beta-alpha mini-protein

A: tetrameric beta-beta-alpha mini-protein
B: tetrameric beta-beta-alpha mini-protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6684
ポリマ－10,6684
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
2
C: tetrameric beta-beta-alpha mini-protein
D: tetrameric beta-beta-alpha mini-protein
ヘテロ分子

C: tetrameric beta-beta-alpha mini-protein
D: tetrameric beta-beta-alpha mini-protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7886
ポリマ－10,6684
非ポリマー1202
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_657-x+1,y,-z+21
単位格子
Length a, b, c (Å)50.027, 46.868, 31.426
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.61, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-136-

HOH

21D-42-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
tetrameric beta-beta-alpha mini-protein / BBAT


分子量: 2666.889 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The protein was chemically synthesized.
#2: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル / 2-プロパノール


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 27.96 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM HEPES-Na, 10% v/v i-propanol, 20% w/v PEG 4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.978240, 0.977939, 0.949359
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978241
20.9779391
30.9493591
反射解像度: 1.5→99 Å / Num. all: 17229 / Num. obs: 17229 / % possible obs: 76 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 10.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 33.8
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / Rmerge(I) obs: 0.066 / Mean I/σ(I) obs: 7.7 / Num. unique all: 556 / % possible all: 24.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.5→24.22 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1162555.81 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.199 1604 9.4 %RANDOM
Rwork0.161 ---
all0.161 17116 --
obs0.161 17116 75.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 39.5475 Å2 / ksol: 0.341273 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 15.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.04 Å20 Å20.33 Å2
2--2.23 Å20 Å2
3----1.19 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.19 Å0.14 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.15 Å0.1 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→24.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数861 0 0 138 999
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.48
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.031 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 82 7.9 %
Rwork0.19 952 -
obs--27.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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