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- PDB-1sgw: Putative ABC transporter (ATP-binding protein) from Pyrococcus fu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sgw
タイトルPutative ABC transporter (ATP-binding protein) from Pyrococcus furiosus Pfu-867808-001
要素putative ABC transporterATP-binding cassette transporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Structural genomics (構造ゲノミクス) / pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス) / ABC transporter / PSI / Protein Structure Initiative / Southeast Collaboratory for Structural Genomics / SECSG
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative ABC transporter (ATP-binding protein)
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Liu, Z.J. / Tempel, W. / Shah, A. / Chen, L. / Lee, D. / Kelley, L.-L.C. / Dillard, B.D. / Rose, J.P. / Eneh, J.C. / Hopkins, R.C. ...Liu, Z.J. / Tempel, W. / Shah, A. / Chen, L. / Lee, D. / Kelley, L.-L.C. / Dillard, B.D. / Rose, J.P. / Eneh, J.C. / Hopkins, R.C. / Jenney Jr., F.E. / Lee, H.S. / Poole II, F.L. / Shah, C. / Sugar, F.J. / Adams, M.W.W. / Richardson, D.C. / Richardson, J.S. / Wang, B.C. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Putative ABC transporter (ATP-binding protein) from Pyrococcus furiosus Pfu-867808-001
著者: Liu, Z.J. / Tempel, W. / Shah, A. / Chen, L. / Lee, D. / Kelley, L.-L.C. / Dillard, B.D. / Rose, J.P. / Eneh, J.C. / Hopkins, R.C. / Jenney Jr., F.E. / Lee, H.S. / Poole II, F.L. / Shah, C. / ...著者: Liu, Z.J. / Tempel, W. / Shah, A. / Chen, L. / Lee, D. / Kelley, L.-L.C. / Dillard, B.D. / Rose, J.P. / Eneh, J.C. / Hopkins, R.C. / Jenney Jr., F.E. / Lee, H.S. / Poole II, F.L. / Shah, C. / Sugar, F.J. / Adams, M.W.W. / Richardson, D.C. / Richardson, J.S. / Wang, B.C. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics
履歴
登録2004年2月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: putative ABC transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1944
ポリマ－24,1001
非ポリマー943
水1,72996
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.982, 67.583, 72.768
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 putative ABC transporter / ATP-binding cassette transporter


分子量: 24100.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THE PROTEIN WAS CLONED, EXPRESSED AND PURIFIED BY THE SECSG PYROCOCCUS PROTEIN PRODUCTION GROUP (M.W.W.ADAMS, P.S.BRERETON, M.IZUMI, F.E.JENNEY JR., H.-S.LEE, F.L.POOLE II, C.SHAH, F.SUGAR) ...詳細: THE PROTEIN WAS CLONED, EXPRESSED AND PURIFIED BY THE SECSG PYROCOCCUS PROTEIN PRODUCTION GROUP (M.W.W.ADAMS, P.S.BRERETON, M.IZUMI, F.E.JENNEY JR., H.-S.LEE, F.L.POOLE II, C.SHAH, F.SUGAR) UNDER THE DIRECTION OF M.W.W.ADAMS.
由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス)
株: DSM 3638 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U2E3
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.38 %
結晶化温度: 291 K / 手法: modified microbatch / pH: 7.9
詳細: 15% PEG-4000, 10% isopropanol, 10% glycerol, 100mM TRIS, pH 7.9, modified microbatch, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.066 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月25日
放射モノクロメーター: SI CHANNEL 220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.066 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. all: 123736 / Num. obs: 23651 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rsym value: 0.041
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / Rmerge(I) obs: 0.123 / % possible all: 98.5

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位相決定

位相決定手法: 単一同系置換・異常分散
Phasing MIR解像度: 2.2→20 Å / FOM: 0.38 / 反射: 11580
Phasing MIR shell
解像度 (Å)FOM反射
7.62-200.54551
4.91-7.620.53975
3.87-4.910.411247
3.3-3.870.411460
2.92-3.30.431622
2.64-2.920.381768
2.44-2.640.331924
2.27-2.440.22033

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.03位相決定
MLPHARE位相決定
ARP/wARPモデル構築
REFMACrefmac_5.1.24精密化
MAR345データ収集
精密化解像度: 1.7→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 1.675 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22299 1268 5.1 %RANDOM
Rwork0.19538 ---
obs0.1968 23651 99.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.326 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.46 Å20 Å20 Å2
2---0.19 Å20 Å2
3---0.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1520 0 3 96 1619
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0221562
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2941.9912120
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8675199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2269
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021094
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.2660
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.21085
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1060.271
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1320.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0820.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1342998
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.29631634
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9162564
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.613486
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.234 96
Rwork0.193 1672

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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