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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1sfo | |||||||||
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タイトル | RNA POLYMERASE II STRAND SEPARATED ELONGATION COMPLEX | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION/DNA-RNA HYBRID / TRANSCRIPTION / MRNA / MULTIPROTEIN COMPLEX / MOLECULAR MACHINE / DNA / TRANSCRIPTION-DNA-RNA HYBRID COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / termination of RNA polymerase II transcription / RNA Polymerase II Promoter Escape ...RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / termination of RNA polymerase II transcription / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA-templated transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / termination of RNA polymerase III transcription / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / termination of RNA polymerase I transcription / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / RNA Polymerase I Promoter Escape / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / transcription by RNA polymerase I / Estrogen-dependent gene expression / transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II activity / Dual incision in TC-NER / transcription elongation by RNA polymerase I / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / transcription-coupled nucleotide-excision repair / RNA polymerase II, core complex / translesion synthesis / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / cytoplasmic stress granule / ribosome biogenesis / peroxisome / nucleic acid binding / transcription by RNA polymerase II / protein dimerization activity / mRNA binding / nucleolus / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.61 Å | |||||||||
データ登録者 | Westover, K.D. / Bushnell, D.A. / Kornberg, R.D. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2004 タイトル: Structural Basis of Transcription: Separation of RNA from DNA by RNA Polymerase II 著者: Westover, K.D. / Bushnell, D.A. / Kornberg, R.D. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1sfo.cif.gz | 679.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1sfo.ent.gz | 517.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1sfo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1sfo_validation.pdf.gz | 601 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1sfo_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1sfo_validation.xml.gz | 184.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1sfo_validation.cif.gz | 247.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sf/1sfo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sf/1sfo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1i6hS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-DNA-directed RNA polymerase II ... , 5種, 5分子 ABCIK
#3: タンパク質 | 分子量: 191821.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: DELTA-RPB4 / 参照: UniProt: P04050, DNA-directed RNA polymerase |
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#4: タンパク質 | 分子量: 138937.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: DELTA-RPB4 / 参照: UniProt: P08518, DNA-directed RNA polymerase |
#5: タンパク質 | 分子量: 35330.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: DELTA-RPB4 / 参照: UniProt: P16370, DNA-directed RNA polymerase |
#9: タンパク質 | 分子量: 14308.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: DELTA-RPB4 / 参照: UniProt: P27999, DNA-directed RNA polymerase |
#11: タンパク質 | 分子量: 13633.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: DELTA-RPB4 / 参照: UniProt: P38902, DNA-directed RNA polymerase |
-DNA-directed RNA polymerases I, II, and III ... , 5種, 5分子 EFHJL
#6: タンパク質 | 分子量: 25117.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: DELTA-RPB4 / 参照: UniProt: P20434, DNA-directed RNA polymerase |
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#7: タンパク質 | 分子量: 17931.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: DELTA-RPB4 / 参照: UniProt: P20435, DNA-directed RNA polymerase |
#8: タンパク質 | 分子量: 16525.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: DELTA-RPB4 / 参照: UniProt: P20436, DNA-directed RNA polymerase |
#10: タンパク質 | 分子量: 8290.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: DELTA-RPB4 / 参照: UniProt: P22139, DNA-directed RNA polymerase |
#12: タンパク質 | 分子量: 7729.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: DELTA-RPB4 / 参照: UniProt: P40422, DNA-directed RNA polymerase |
-RNA鎖 / DNA鎖 , 2種, 2分子 RT
#1: RNA鎖 | 分子量: 3264.036 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: TRANSCRIPT |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 4215.755 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: TEMPLATE |
-非ポリマー , 2種, 9分子
#13: 化合物 | ChemComp-ZN / #14: 化合物 | ChemComp-MG / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.79 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: PEG 6000, ammonium sodium phosphate, DTT, pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Gnatt, A.L., (2001) Science, 292, 1876. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年10月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.6→40 Å / Num. obs: 73591 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 2.5 % |
反射 シェル | 解像度: 3.6→3.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.312 / % possible all: 87.1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 3.6 Å / 最低解像度: 40 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.139 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 3.6 Å / 最低解像度: 3.7 Å / % possible obs: 87.1 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1I6H 解像度: 3.61→39.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 63989.39 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 40.3 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.61→39.86 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.61→3.83 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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