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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1sfi | ||||||
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タイトル | High resolution structure of a potent, cyclic protease inhibitor from sunflower seeds | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / TRYPSIN INHIBITOR (トリプシンインヒビター) / CYCLIC PEPTIDE (環状ペプチド) / PROTEASE (プロテアーゼ) / BOVINE-TRYPSIN / SERINE PROTEASE-INHIBITOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of endopeptidase activity / endopeptidase inhibitor activity / トリプシン / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / 消化 / serine-type endopeptidase inhibitor activity / endopeptidase activity / protease binding / serine-type endopeptidase activity ...negative regulation of endopeptidase activity / endopeptidase inhibitor activity / トリプシン / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / 消化 / serine-type endopeptidase inhibitor activity / endopeptidase activity / protease binding / serine-type endopeptidase activity / タンパク質分解 / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) Helianthus annuus (ヒグルマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å | ||||||
データ登録者 | Luckett, S. / Garcia, R.S. / Barker, J.J. / Konarev, A.V. / Shewry, P. / Clarke, A.R. / Brady, R.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999 タイトル: High-resolution structure of a potent, cyclic proteinase inhibitor from sunflower seeds. 著者: Luckett, S. / Garcia, R.S. / Barker, J.J. / Konarev, A.V. / Shewry, P.R. / Clarke, A.R. / Brady, R.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1sfi.cif.gz | 62.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1sfi.ent.gz | 47.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1sfi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sf/1sfi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sf/1sfi | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1tldS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: PANCREAS膵臓 / 参照: UniProt: P00760, トリプシン | ||||||
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#2: タンパク質・ペプチド | | ||||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CA / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | CYCLIC PEPTIDE BOUND TO ACTIVE SITE OF TRYPSIN NO 3'-TERMINAL RESIDUE, CYCLIC PEPTIDE | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.8 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8 / 詳細: pH 8.0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX7.2 / 波長: 1.448 |
検出器 | 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年5月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.448 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→20 Å / Num. obs: 32839 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 18.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 14 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.78 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.223 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 91 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 82087 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 91 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1TLD 解像度: 1.65→20 Å / SU B: 1.67 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.09
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原子変位パラメータ | Biso mean: 21.11 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.203 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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