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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1seq | ||||||
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タイトル | Fab MNAC13 | ||||||
要素 | (Monoclonal Antibody ...モノクローナル抗体) x 2 | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / Immunoglobulin (抗体) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / 抗体依存性細胞傷害 / Fc-gamma receptor I complex binding / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin complex, circulating / IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin receptor binding ...humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / 抗体依存性細胞傷害 / Fc-gamma receptor I complex binding / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin complex, circulating / IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of phagocytosis / complement activation, classical pathway / antigen binding / B cell differentiation / positive regulation of immune response / antibacterial humoral response / defense response to bacterium / external side of plasma membrane / extracellular space / extracellular region / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å | ||||||
データ登録者 | Covaceuszach, S. / Cattaneo, A. / Lamba, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2005 タイトル: Neutralization of NGF-TrkA Receptor Interaction by the Novel Antagonistic anti-TrkA Monoclonal Antibody MNAC13: a Structural Insight 著者: Covaceuszach, S. / Cattaneo, A. / Lamba, D. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001 タイトル: Purification, crystallization and preliminary X-ray analysis of the Fab fragment from MNAC13, a novel antagonistic anti-tyrosine kinase A receptor monoclonal antibody 著者: Covaceuszach, S. / Cattaneo, A. / Lamba, D. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE The sequence of this protein is not available in any of the database sequence. Author ...SEQUENCE The sequence of this protein is not available in any of the database sequence. Author states that Glu:L17; Glu:L18; Glu:L81; Asp:L142 are considered as Ser due to decarboxylation (radiation damage). |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1seq.cif.gz | 104.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1seq.ent.gz | 77.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1seq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/se/1seq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/se/1seq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1bm3S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-抗体 , 2種, 2分子 LH
#1: 抗体 | 分子量: 23107.381 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB Light Chain / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Hybridoma / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01837*PLUS |
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#2: 抗体 | 分子量: 24030.076 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB Heavy Chain / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Hybridoma / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01868*PLUS |
-非ポリマー , 4種, 357分子
#3: 化合物 | ChemComp-TRS / | ||
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#4: 化合物 | ChemComp-IPA / | ||
#5: 化合物 | ChemComp-SO4 / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.8 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2 M ammonium sulfate, 5%(v/v) 2-propanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年7月18日 / 詳細: Sagitally focusing Ge(220) and a multilayer |
放射 | モノクロメーター: Diamond (111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.78→39 Å / Num. obs: 38392 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 14 Å2 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 8.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.78→1.83 Å / 冗長度: 4.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique all: 1893 / Rsym value: 0.398 / % possible all: 99.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1BM3 解像度: 1.78→38.94 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1775680.62 / Data cutoff high rms absF: 1775680.62 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.8362 Å2 / ksol: 0.358609 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.78→38.94 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.78→1.89 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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