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- PDB-1seb: COMPLEX OF THE HUMAN MHC CLASS II GLYCOPROTEIN HLA-DR1 AND THE BA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1seb
タイトルCOMPLEX OF THE HUMAN MHC CLASS II GLYCOPROTEIN HLA-DR1 AND THE BACTERIAL SUPERANTIGEN SEB
要素
  • (HLA CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN) x 2
  • ENDOGENOUS PEPTIDE MODEL, POLY-ALA
  • ENTEROTOXIN TYPE B
キーワードCOMPLEX (MHC II/PEPTIDE/TOXIN) / HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN / MHC II (MHCクラスII分子) / SUPERANTIGEN (スーパー抗原) / ENTEROTOXIN PEPTIDE / TOXIN (毒素) / COMPLEX (MHC II-PEPTIDE-TOXIN) COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of interleukin-4 production / regulation of interleukin-10 production / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / MHC class II receptor activity / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation ...regulation of interleukin-4 production / regulation of interleukin-10 production / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / MHC class II receptor activity / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / positive regulation of memory T cell differentiation / positive regulation of monocyte differentiation / CD4 receptor binding / positive regulation of kinase activity / inflammatory response to antigenic stimulus / 中間径フィラメント / transport vesicle membrane / T-helper 1 type immune response / polysaccharide binding / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / 液性免疫 / macrophage differentiation / negative regulation of type II interferon production / Generation of second messenger molecules / 免疫シナプス / PD-1 signaling / epidermis development / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / negative regulation of T cell proliferation / MHC class II antigen presentation / detection of bacterium / T cell receptor binding / trans-Golgi network membrane / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / protein tetramerization / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / structural constituent of cytoskeleton / 認識 / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / peptide antigen binding / endocytic vesicle membrane / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / Downstream TCR signaling / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / toxin activity / T cell receptor signaling pathway / early endosome membrane / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / 獲得免疫系 / positive regulation of viral entry into host cell / リソソーム / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / 免疫応答 / positive regulation of protein phosphorylation / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / ゴルジ体 / positive regulation of DNA-templated transcription / 細胞膜 / シグナル伝達 / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 1. / Staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold domain / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin, conserved site / Staphyloccocal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 2. / Superantigen, staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Ubiquitin-like (UB roll) - #120 ...Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 1. / Staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold domain / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin, conserved site / Staphyloccocal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 2. / Superantigen, staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Ubiquitin-like (UB roll) - #120 / Superantigen toxin, C-terminal / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / エンテロトキシン / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Ubiquitin-like (UB roll) / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Βバレル / サンドイッチ / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Enterotoxin type B / HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain / HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Jardetzky, T.S. / Brown, J.H. / Gorga, J.C. / Stern, L.J. / Urban, R.G. / Chi, Y.I. / Stauffacher, C. / Strominger, J.L. / Wiley, D.C.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1994
タイトル: Three-dimensional structure of a human class II histocompatibility molecule complexed with superantigen.
著者: Jardetzky, T.S. / Brown, J.H. / Gorga, J.C. / Stern, L.J. / Urban, R.G. / Chi, Y.I. / Stauffacher, C. / Strominger, J.L. / Wiley, D.C.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1996
タイトル: Crystallographic Analysis of Endogenous Peptides Associated with Hla-Dr1 Suggests a Common, Polyproline II-Like Conformation for Bound Peptides
著者: Jardetzky, T.S. / Brown, J.H. / Gorga, J.C. / Stern, L.J. / Urban, R.G. / Strominger, J.L. / Wiley, D.C.
履歴
登録1995年11月26日処理サイト: BNL
改定 1.01996年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN
B: HLA CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN
C: ENDOGENOUS PEPTIDE MODEL, POLY-ALA
D: ENTEROTOXIN TYPE B
E: HLA CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN
F: HLA CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN
G: ENDOGENOUS PEPTIDE MODEL, POLY-ALA
H: ENTEROTOXIN TYPE B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,6558
ポリマ－144,6558
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)95.000, 114.700, 149.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.331943, -0.93061, -0.154201), (-0.928817, -0.350985, 0.118781), (-0.164661, 0.103796, -0.980874)81.5667, 107.9656, 43.8542
2given(0.322613, -0.930674, -0.17253), (-0.932147, -0.344045, 0.112853), (-0.164388, 0.124417, -0.978518)82.1961, 107.7428, 42.7804
3given(0.335693, -0.931675, -0.138895), (-0.929209, -0.351715, 0.113436), (-0.154537, 0.090982, -0.983789)81.3957, 107.9864, 44.0986
4given(0.286918, -0.944051, -0.162622), (-0.942375, -0.308647, 0.1291), (-0.17207, 0.11621, -0.978206)83.9813, 107.261, 43.4628
5given(0.310564, -0.938287, -0.152211), (-0.933537, -0.331232, 0.137094), (-0.17905, 0.099518, -0.978794)83.1576, 107.1495, 44.9449
6given(0.300711, -0.941339, -0.153144), (-0.938962, -0.320353, 0.1254), (-0.167104, 0.106087, -0.980215)83.7429, 106.4834, 43.885
7given(0.331943, -0.93061, -0.154201), (-0.928817, -0.350985, 0.118781), (-0.164661, 0.103796, -0.980874)81.5667, 107.9656, 43.8542
詳細THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS A DIMER CONSISTING OF TWO HLA/DR-1 AND TWO SEB MOLECULES. THE DEPOSITORS PROVIDED A MONOMER AND THE TRANSFORMATIONS TO GENERATE THE OTHER MONOMER IN THE DIMER. THE PROTEIN DATA BANK GENERATED THE COMPLETE ASYMMETRIC UNIT USING THE TRANSFORMATIONS PROVIDED. CHAINS A, B, C, D WERE DEPOSITED AND CHAINS E, F, G, H WERE GENERATED USING THE TRANSFORMATIONS GIVEN ON MTRIX RECORDS BELOW. SEE REMARK 295 FOR ADDITIONAL DETAILS.

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要素

#1: タンパク質 HLA CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN / HLA-DR1


分子量: 21084.826 Da / 分子数: 2 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: LG-2 / 細胞株 (発現宿主): LG-2 cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01903
#2: タンパク質 HLA CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN / HLA-DR1


分子量: 22324.938 Da / 分子数: 2 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: LG-2 / 細胞株 (発現宿主): LG-2 cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P04229, UniProt: P01911*PLUS
#3: タンパク質・ペプチド ENDOGENOUS PEPTIDE MODEL, POLY-ALA


分子量: 1124.378 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: SUPERPOSITION OF MANY DIFFERENT PEPTIDES / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#4: タンパク質 ENTEROTOXIN TYPE B / / SEB


分子量: 27793.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
細胞株: LG-2 / 参照: UniProt: P01552

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 25 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115 mg/mlprotein1drop
210 mMTris1drop
310 mMsodium acetate1reservoir
410 %ethylene glycol1reservoir
512-20 %PEG40001reservoir

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.918
検出器タイプ: KODAK / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1991年11月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 40627 / % possible obs: 86 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.057
反射
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 30 Å

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.7→6 Å / σ(F): 2
詳細: THERE IS SOME EVIDENCE THAT THE SECOND SEB MOLECULE IS FOUND AT LOWER OCCUPANCY IN THE LATTICE. THE DR1:SEB STRUCTURE CONTAINS A BACKBONE MODEL (REFINED AS POLYALANINE) FOR ELECTRON DENSITY ...詳細: THERE IS SOME EVIDENCE THAT THE SECOND SEB MOLECULE IS FOUND AT LOWER OCCUPANCY IN THE LATTICE. THE DR1:SEB STRUCTURE CONTAINS A BACKBONE MODEL (REFINED AS POLYALANINE) FOR ELECTRON DENSITY THAT CORRESPONDS TO A COMPLEX MIXTURE OF PEPTIDES THAT CO-PURIFY WITH THE HLA-DR1 MOLECULE (SEE REFERENCE 1 ABOVE FOR DETAILS). MHC CLASS II MOLECULES FORM VERY STABLE COMPLEXES WITH PEPTIDES AND, WHEN ISOLATED FROM HUMAN CELL LINES, HLA-DR1 MOLECULES HAVE BEEN SHOWN TO BE LOADED WITH A MIXTURE OF CELLULAR OR SERUM DERIVED PEPTIDES. THE NUMBER OF DIFFERENT PEPTIDES IS ESTIMATED TO BE ON THE ORDER OF THOUSANDS OF DIFFERENT SPECIES. IN THE CO-CRYSTAL OF HLA-DR1 WITH SEB, INTERPRETABLE ELECTRON DENSITY IS OBSERVED FOR THE BACKBONE OF A 13 AMINO ACID PEPTIDE WITH THE HLA-DR1 PEPTIDE-BINDING SITE. ALTHOUGH GOOD SIDE CHAIN DENSITY IS OBSERVED WITHIN THIS REGION, THE ELECTRON DENSITY COULD NOT BE UNAMBIGUOUSLY CORRELATED WITH ANY OF THE SEQUENCES DETERMINED FOR PEPTIDES ELUTED FROM PURIFIED HLA-DR1. THE ELECTRON DENSITY IS CONSISTENT WITH THE SUPERPOSITION OF MANY PEPTIDES WITH DIFFERENT SEQUENCES THAT ASSUME A COMMON CONFORMATION WITHIN THE HLA-DR1 PEPTIDE-BINDING SITE. THE POLYALANINE MODEL, THEREFORE, REPRESENTS A CONSENSUS CONFORMATION FOR PEPTIDE-BINDING TO HLA-DR1. IN THIS ENTRY THIS CHAIN IS PRESENTED AS CHAIN C (AND G) WITH THE RESIDUES NAMED "UNK".
Rfactor反射数
Rfree0.327 -
Rwork0.257 -
obs0.257 31557
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9400 0 0 0 9400
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.16
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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