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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1sbq | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of methenyltetrahydrofolate synthetase from Mycoplasma pneumoniae at 2.2 resolution | ||||||
要素 | 5,10-Methenyltetrahydrofolate synthetase homolog | ||||||
キーワード | LIGASE (リガーゼ) / 5 / 10-Methenyltetrahydrofolate synthetase / MTHFS / 5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase (5-ホルミルテトラヒドロ葉酸シクロリガーゼ) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / BSGC structure funded by NIH / Protein Structure Initiative / PSI / Berkeley Structural Genomics Center | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 5-ホルミルテトラヒドロ葉酸シクロリガーゼ / 5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase activity / ATP binding / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycoplasma pneumoniae (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, S. / Shin, D.H. / Pufan, R. / Kim, R. / Kim, S.H. / Berkeley Structural Genomics Center (BSGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2004 タイトル: Crystal structure of methenyltetrahydrofolate synthetase from Mycoplasma pneumoniae (GI: 13508087) at 2.2 A resolution 著者: Chen, S. / Shin, D.H. / Pufan, R. / Kim, R. / Kim, S.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1sbq.cif.gz | 78.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1sbq.ent.gz | 63.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1sbq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sb/1sbq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sb/1sbq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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詳細 | monomer as the biological assembly |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22274.486 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycoplasma pneumoniae (バクテリア) 遺伝子: MPN348, MP488 / プラスミド: pSKB3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pSJS1244 参照: UniProt: P75430, 5-ホルミルテトラヒドロ葉酸シクロリガーゼ #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.92 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, 25% polyethylene glycol 4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9793 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2002年12月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→40 Å / Num. all: 23773 / Num. obs: 23677 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Rsym value: 0.132 / Net I/σ(I): 26.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.34 Å / % possible all: 56.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→40 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 169600.46 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.7862 Å2 / ksol: 0.385678 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→40 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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