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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1s8a | ||||||
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タイトル | H98Q Mutant of Methylglyoxal Synthase from E. coli complexed with Phosphoglycolic Acid | ||||||
要素 | Methylglyoxal synthase | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / GLYCOLYTIC BYPASS / METHYLGLYOXAL (メチルグリオキサール) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 methylglyoxal biosynthetic process / methylglyoxal synthase / methylglyoxal synthase activity / protein hexamerization / identical protein binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Harrison, D.H. / Marks, G.T. / Susler, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004 タイトル: Mutagenic studies on histidine 98 of methylglyoxal synthase: effects on mechanism and conformational change. 著者: Marks, G.T. / Susler, M. / Harrison, D.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1s8a.cif.gz | 181.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1s8a.ent.gz | 147.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1s8a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s8/1s8a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s8/1s8a | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16927.525 Da / 分子数: 6 / 変異: H98Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: MGSA, B0963, Z1314, ECS1047, SF0965, S1031 / プラスミド: pET-16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ML1 / 参照: UniProt: P0A731, methylglyoxal synthase #2: 化合物 | ChemComp-PGA / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.48 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: PEG 1500, Sodium Cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年4月11日 / 詳細: Osmic Confocal Mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→29.65 Å / Num. all: 57342 / Observed criterion σ(F): 0 / Biso Wilson estimate: 14.1 Å2 / Limit h max: 24 / Limit h min: 0 / Limit k max: 58 / Limit k min: 0 / Limit l max: 80 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 131602.62 / Observed criterion F min: 0.078 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.24 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→29.65 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Rfactor Rfree error details: shells / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 26.9713 Å2 / ksol: 0.29957 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 76.08 Å2 / Biso mean: 29.51 Å2 / Biso min: 7.94 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.65 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Xplor file |
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