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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1s2y | ||||||
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タイトル | Crystal structure of MAOB in complex with N-propargyl-1(S)-aminoindan | ||||||
要素 | Amine oxidase [flavin-containing] B | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / human monoamine oxidase (モノアミン酸化酵素) / inhibitor binding (酵素阻害剤) / rasagiline (ラサギリン) / enantioselectivity (光学異性体) / flavin | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Biogenic amines are oxidatively deaminated to aldehydes by MAOA and MAOB / aliphatic amine oxidase activity / monoamine oxidase activity / モノアミン酸化酵素 / phenylethylamine catabolic process / positive regulation of dopamine metabolic process / primary amine oxidase activity / negative regulation of serotonin secretion / response to aluminum ion / response to selenium ion ...Biogenic amines are oxidatively deaminated to aldehydes by MAOA and MAOB / aliphatic amine oxidase activity / monoamine oxidase activity / モノアミン酸化酵素 / phenylethylamine catabolic process / positive regulation of dopamine metabolic process / primary amine oxidase activity / negative regulation of serotonin secretion / response to aluminum ion / response to selenium ion / : / dopamine catabolic process / 一級アミンオキシダーゼ / mitochondrial envelope / hydrogen peroxide biosynthetic process / response to corticosterone / substantia nigra development / response to toxic substance / flavin adenine dinucleotide binding / response to ethanol / mitochondrial outer membrane / response to lipopolysaccharide / electron transfer activity / response to xenobiotic stimulus / 樹状突起 / neuronal cell body / ミトコンドリア / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.12 Å | ||||||
データ登録者 | Binda, C. / Hubalek, F. / Li, M. / Herzig, Y. / Sterling, J. / Edmondson, D.E. / Mattevi, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2004 タイトル: Crystal Structures of Monoamine Oxidase B in Complex with Four Inhibitors of the N-Propargylaminoindan Class. 著者: Binda, C. / Li, M. / Herzig, Y. / Sterling, J. / Edmondson, D.E. / Mattevi, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1s2y.cif.gz | 211.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1s2y.ent.gz | 177.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1s2y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s2/1s2y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s2/1s2y | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: 1 / Refine code: 1
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詳細 | The biological assembly is a homodimer that is all contained in the asymmetric unit |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 58837.730 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAOB / プラスミド: pPIC3.5K / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P27338, モノアミン酸化酵素 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.12 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG4000, lithium sulphate, ADA buffer, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月10日 |
放射 | モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 68917 / Num. obs: 68917 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 2.12→6.71 Å / % possible all: 96.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.12→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 4.564 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.225 / ESU R Free: 0.182 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.191 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.12→15 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 4006 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.125→2.179 Å / Total num. of bins used: 20 /
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