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万見
- PDB-1rzl: RICE NONSPECIFIC LIPID TRANSFER PROTEIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rzl
タイトルRICE NONSPECIFIC LIPID TRANSFER PROTEIN
要素NONSPECIFIC LIPID TRANSFER PROTEIN
キーワードLIPID TRANSPORT / ALPHA-HELICAL STRUCTURE
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid transport / lipid binding
類似検索 - 分子機能
Plant lipid transfer proteins signature. / Plant non-specific lipid-transfer protein/Par allergen / Plant lipid-transfer and hydrophobic proteins / Hydrophobic Seed Protein / Protease inhibitor/seed storage/LTP family / Plant lipid transfer protein / seed storage protein / trypsin-alpha amylase inhibitor domain family / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Non-specific lipid-transfer protein 1 / Non-specific lipid-transfer protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa (イネ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Lee, J.Y. / Min, K.S. / Cha, H. / Shin, D.H. / Hwang, K.Y. / Suh, S.W.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Rice non-specific lipid transfer protein: the 1.6 A crystal structure in the unliganded state reveals a small hydrophobic cavity.
著者: Lee, J.Y. / Min, K. / Cha, H. / Shin, D.H. / Hwang, K.Y. / Suh, S.W.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Crystallographic Analysis of Probable Amylase/Protease Inhibitor-B from Rice Seeds
著者: Hwang, K.Y. / Kim, K.K. / Min, K. / Eom, S.H. / Yu, Y.G. / Kim, S. / Sweet, R.M. / Suh, S.W.
履歴
登録1997年10月9日処理サイト: BNL
改定 1.01998年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / Other / カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_database_status
Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42023年8月9日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NONSPECIFIC LIPID TRANSFER PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4584
ポリマ－8,9191
非ポリマー5393
水1,22568
1
A: NONSPECIFIC LIPID TRANSFER PROTEIN
ヘテロ分子

A: NONSPECIFIC LIPID TRANSFER PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9168
ポリマ－17,8382
非ポリマー1,0776
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area2490 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area8940 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)37.930, 37.930, 97.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 NONSPECIFIC LIPID TRANSFER PROTEIN


分子量: 8919.187 Da / 分子数: 1 / 断片: FOUR-HELIX BUNDLE / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryza sativa (イネ) / 器官: SEED種子 / 参照: UniProt: P23096, UniProt: Q0IQK9*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CXS / 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID / 3-(シクロヘキシルアミノ)-1-プロパンスルホン酸 / CAPS (buffer)


分子量: 221.317 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H19NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.2 %
結晶化pH: 7.8 / 詳細: pH 7.8
結晶化
*PLUS
pH: 8.7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
150 mMCAPS1drop
21.8 Mammonium sulfate1drop
318 mg/mlprotein1drop
43.0 Mammonium sulfate1reservoir
550 mMCAPS1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 290 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1992年5月5日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 9447 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(I): 0.5 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.055
反射 シェル解像度: 1.6→1.67 Å / % possible all: 79.1
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Num. obs: 9634 / % possible obs: 94.4 % / Num. measured all: 33853
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 1.7 Å / % possible obs: 82.7 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
MADNESデータ収集
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
MADNESデータ削減
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1MZL

1mzl


解像度: 1.6→8 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 993 8 %
Rwork0.186 --
obs0.186 9394 94.2 %
原子変位パラメータBiso mean: 20 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.18 Å / Luzzati d res low obs: 8 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数616 0 33 68 717
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.76
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d21.6
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.77
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.67 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 92 12 %
Rwork0.272 863 -
obs--78.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1RLTP.PARRLTP.TOP
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection all: 9421 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor all: 0.194 / Rfactor Rfree: 0.235
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg21.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.77
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.272

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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