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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rno | ||||||
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タイトル | RIBONUCLEASE A CRYSTALLIZED FROM 80% AMMONIUM SULPHATE | ||||||
要素 | RIBONUCLEASE APancreatic ribonuclease family | ||||||
キーワード | HYDROLASE (PHOSPHORIC DIESTER) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Fedorov, A.A. / Josef-Mccarthy, D. / Graf, I. / Anguelova, D. / Fedorov, E.V. / Almo, S.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996 タイトル: Ionic interactions in crystalline bovine pancreatic ribonuclease A. 著者: Fedorov, A.A. / Joseph-McCarthy, D. / Fedorov, E. / Sirakova, D. / Graf, I. / Almo, S.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1rno.cif.gz | 33.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1rno.ent.gz | 26 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1rno.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rn/1rno ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rn/1rno | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO 93 / 2: CIS PROLINE - PRO 114 |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CRYSTALLIZED FROM 80% AMMONIUM SULPHATE / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: PANCREAS膵臓 / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5 | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.92 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.5 / 詳細: pH 5.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 57 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 290 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1992 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→8.4 Å / Num. obs: 12384 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 2.72 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 25.62 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.99 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 4.98 / Mean I/σ(I) obs: 0.177 / % possible all: 84.1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / Num. obs: 12384 / % possible obs: 94.9 % / Rmerge(I) obs: 0.041 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / % possible obs: 84.1 % / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.177 / Mean I/σ(I) obs: 4.98 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.9→8 Å / σ(F): 2 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 27.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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