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- PDB-1rlg: Molecular basis of Box C/D RNA-protein interaction: co-crystal st... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rlg
タイトルMolecular basis of Box C/D RNA-protein interaction: co-crystal structure of the Archaeal sRNP intiation complex
要素
  • 25-MER
  • 50S ribosomal protein L7Aeリボソーム
キーワードStructural Protein/RNA (構造) / PROTEIN-RNA / Structural Protein-RNA COMPLEX (構造)
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / リボソーム生合成 / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L7Ae, archaea / Ribosomal protein L30/S12 / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Ribosomal protein L7Ae conserved site / Ribosomal protein L7Ae signature. / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / RNA (> 10) / Large ribosomal subunit protein eL8
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Moore, T. / Zhang, Y. / Fenley, M.O. / Li, H.
引用ジャーナル: STRUCTURE / 年: 2004
タイトル: Molecular Basis of Box C/D RNA-Protein Interactions; Cocrystal Structure of Archaeal L7Ae and a Box C/D RNA.
著者: Moore, T. / Zhang, Y. / Fenley, M.O. / Li, H.
履歴
登録2003年11月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 25-MER
D: 25-MER
A: 50S ribosomal protein L7Ae
B: 50S ribosomal protein L7Ae


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0844
ポリマ－43,0844
非ポリマー00
水0
1
C: 25-MER
A: 50S ribosomal protein L7Ae


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5422
ポリマ－21,5422
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: 25-MER
B: 50S ribosomal protein L7Ae


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5422
ポリマ－21,5422
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)120.584, 120.584, 120.584
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number195
Space group name H-MP23
詳細The biological assembly is packed by a dimmer in the asymmetric unit by the operations of space group P23

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要素

#1: RNA鎖 25-MER


分子量: 8329.573 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 50S ribosomal protein L7Ae / リボソーム


分子量: 13212.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属)
遺伝子: RPL7AE, AF0764 / プラスミド: pET13 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O29494

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.12 %
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5
詳細: PEG 400,magnesium acetate, HEPES , pH 7.5, EVAPORATION, temperature 303K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 40011
2magnesium acetate11
3HEPES11
4H2O11
5PEG 40012
6magnesium acetate12
7H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 263 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.99, 1.09, 0.97
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年4月16日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.991
21.091
30.971
反射解像度: 2.7→29.25 Å / Num. obs: 30750 / % possible obs: 0.94 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 80.7 Å2
反射 シェル解像度: 2.7→2.71 Å / % possible all: 54

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.7→29.25 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 324127.19 / Data cutoff high rms absF: 324127.19 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 2706 9.3 %RANDOM
Rwork0.235 ---
all0.235 30802 --
obs0.235 28953 94 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 33.1653 Å2 / ksol: 0.290896 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 61.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.41 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.54 Å0.51 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→29.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1774 1078 0 0 2852
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.78
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.396 348 8.5 %
Rwork0.379 3738 -
obs--78.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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