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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1rj2 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the DH/PH fragment of Dbs without bound GTPase | ||||||
要素 | Guanine nucleotide exchange factor DBS [Fragment] | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / Dbl homology / Pleckstrin homology / Guanine nucleotide exchange factor / Rho GTPase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / guanyl-nucleotide exchange factor activity => GO:0005085 / NRAGE signals death through JNK / G alpha (12/13) signalling events / RHOB GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / NRAGE signals death through JNK / 1-phosphatidylinositol binding / RAC1 GTPase cycle ...: / guanyl-nucleotide exchange factor activity => GO:0005085 / NRAGE signals death through JNK / G alpha (12/13) signalling events / RHOB GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / NRAGE signals death through JNK / 1-phosphatidylinositol binding / RAC1 GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / G alpha (12/13) signalling events / positive regulation of Rho protein signal transduction / extrinsic component of membrane / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / Rho protein signal transduction / endomembrane system / phosphatidylinositol binding / guanyl-nucleotide exchange factor activity / lamellipodium / intracellular signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / membrane / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Worthylake, D.K. / Rossman, K.L. / Sondek, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2004 タイトル: Crystal structure of the DH/PH fragment of Dbs without bound GTPase. 著者: Worthylake, D.K. / Rossman, K.L. / Sondek, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1rj2.cif.gz | 240.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1rj2.ent.gz | 196.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1rj2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1rj2_validation.pdf.gz | 470.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1rj2_full_validation.pdf.gz | 554.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1rj2_validation.xml.gz | 54.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1rj2_validation.cif.gz | 73.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rj/1rj2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rj/1rj2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1kz7S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41220.332 Da / 分子数: 4 / 断片: DH/PH fragment (residues 498-842) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: MCF2L, OST / プラスミド: pET28 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q63406, UniProt: Q64096*PLUS #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.1 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Na HEPES, PEG 20K, ethylene glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年2月22日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→30 Å / Num. all: 40298 / Num. obs: 40298 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 92.1 Å2 / Rsym value: 0.115 / Net I/σ(I): 13.3 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.11 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 3645 / Rsym value: 0.821 / % possible all: 88.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1KZ7 (DH and PH domains) 解像度: 3→30 Å / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 89.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→30 Å
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拘束条件 |
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