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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ra0 | ||||||
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タイトル | Bacterial cytosine deaminase D314G mutant bound to 5-fluoro-4-(S)-hydroxy-3,4-dihydropyrimidine. | ||||||
要素 | Cytosine deaminaseシトシンデアミナーゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / CYTOSINE DEAMINASE (シトシンデアミナーゼ) / ALPHA-BETA BARREL / HEXAMER (オリゴマー) / CONFORMATIONAL CHANGE (コンフォメーション変化) / D314G mutant | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytosine catabolic process / isoguanine deaminase activity / シトシンデアミナーゼ / 5-fluorocytosine deaminase activity / cytosine deaminase activity / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 環状アミジンに作用 / ferrous iron binding / zinc ion binding / identical protein binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.12 Å | ||||||
データ登録者 | Mahan, S.D. / Ireton, G.C. / Stoddard, B.L. / Black, M.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Eng.Des.Sel. / 年: 2004 タイトル: Random mutagenesis and selection of Escherichia coli cytosine deaminase for cancer gene therapy. 著者: Mahan, S.D. / Ireton, G.C. / Knoeber, C. / Stoddard, B.L. / Black, M.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ra0.cif.gz | 108.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ra0.ent.gz | 80.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ra0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/1ra0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/1ra0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 6|||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biological assembly is a hexamer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations: y,x,-z;y,y-x,-x,z;y,x,-z;x-y,-y,-z;-x,y-x,-z |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47801.961 Da / 分子数: 1 / 変異: D314S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: CODA, B0337 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)-RIL / 参照: UniProt: P25524, シトシンデアミナーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-FE / |
#3: 化合物 | ChemComp-FPY / ( |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.49 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 8000, magnesium chloride, hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月24日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.1→20 Å / Num. all: 223113 / Num. obs: 211957 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 5.2 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 1.1→1.14 Å / % possible all: 67.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 1K70 解像度: 1.12→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 258818.3 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 61.4215 Å2 / ksol: 0.403097 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 10.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.12→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.12→1.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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